Dpabisurf预处理报错

Submitted by Lee on

严老师好,各位老师好,这里想请教一个问题,我按照dpabisurf安装流程安装了docker,在dpabisurf   intall的第三部下载了软件并且set了许可证之后开始用1个被试者的数据运行dpabisurf的预处理。在fmriprep这里出现报错,麻烦老师给看一看。非常感谢。
以下TXT文件为报错的信息的复制

没有结构像数据能不能用DPARSF做预处理

Submitted by Anyi Zhang on

尊敬的严老师及各位老师:

        大家好,我最经在做一批网上下载的影像数据,但是没有结构像的数据。不知道这种情况能不能用DPARSF做预处理。我试了一下,有报错,错误显示相应的T1Img不存在。请教一下各位老师,没有结构像时能不能用DPARSF做预处理,如果可以应该怎样做?希望严老师和各位老师有空时予以解答,非常感谢。

错误使用 spm_slice_vol File too small.

Submitted by Xiao Wang on
严老师,您好。我在做preprocessing时,在slicetiming阶段出现了以下错误。想问一下严老师,这种问题是由什么造成的,我该如何解决这个问题。非常感谢严老师的解答。
 
matlab2016a/matlab2019a,spm12,dpabi5.1。数据TR=2s, 时间点=185,nii数据大小为52mb。

错误使用 spm_slice_vol, File too small.

Submitted by Xiao Wang on
严老师,您好,我在做preprocessing时,在slice timing阶段出现了以下错误,想问一下这个是由什么导致的,我应该如何解决这个问题。非常感谢严老师的解答。
 
matlab2016a/matlab2019a, spm12, dpabi5.1. 数据TR=2s,时间点=185,nii数据大小为52mb。(之前处理过相同参数的数据,可以完成preprocessing)。

关于y_ReadAll提取ROI信号的问题

Submitted by Xiao Wang on
尊敬的严老师,您好。我在用dpabi做preprocessing时,遇到了以下问题,想问问这是如何造成的,我应该怎么解决呢。感谢严老师的帮助,谢谢老师。
matlab2019a,dparsf4.5,没有填入time point(如果填入数字,会在realign时报错,但我检查过所有被试的time point,没有错误,这一点不知为何)没有选择automask,需完成VMHC的处理。
 
 
Extracting ROI signals...
Reading images from "D:\xiaoxiao\try-dpabi\restAR\N003chenwanchun\rAx_BOLD_rsfMRI.nii" etc.
错误使用 y_ReadAll (line 103)
无法执行赋值,因为左侧的大小为 64×64×36,右侧的大小为 64×64×36×185。

AAL模板(61*73*61)全脑区功能连接问题

Submitted by Anyi Zhang on

尊敬的严老师及其他各位老师:大家好!我近期在进行全脑区功能连接分析过程中有些问题想请教一下各位专家。我想用的AAL模板(61*73*61)进行全脑区功能连接,使用的是DPARSF软件,选择extract ROI signal分析过程。分析过程中将AAL模板(61*73*61)选入到define ROI之后没有得到相应的相关矩阵,得到的ROICorrelation_subXXX文件只有一个数值1,详见附件ROICorrelation_sub001.txt。想请教一下这是什么原因?有无解决办法?希望您有时间时能够给予回复。非常感谢。

 

关于preprocessing中realign的问题

Submitted by Xiao Wang on

尊敬的严教授:

您好,最近在用dpabi做preprocessing的时候,遇到了一些问题,希望寻求到您的解答和帮助。

matlab2016a,dpabi4.2.

 

数据resting,TR=2s,time point=185。按照图中将各项参数输入进去进行preprocessing,run。Slice timing完成之后,在realign部分出现了问题,显示time point number doesn’t match,所有的被试都出现了这个问题(虽然图中的被试数量多一些,但在真正run的时候,只放进去4个被试的数据)。

我挨个检查了所有被试的TR和time point,都没有问题,所有数据都是TR=2s,time point=185。

我浏览了forum,发现有位老师也遇到了此问题,他将time point换成了rp文件中的行数,就可以run了。我检查了运行得出的每个被试的rp文件行数,是370行,与time point不匹配。然而,当我尝试将time point修改为370时,它提示我图像的time point和填入的数字不匹配。

 

 

关于数据预处理时报错:parallel_function

Submitted by dm19950123 on
严老师您好:
我在使用dpabi_v5.1(matlab2013b),进行原始dicom数据预处理时,出现以下报错。
我的电脑是6核的,但是我在parallel workers处无论填6还是0,在处理到这一步时都会报错。不知是什么原因,该如何解决。