统计分析-GRF

Submitted by Anna01 on

各位老师您好:

         我在进行统计分析的多重校正时,选用了GRF。发现系统默认的平滑核的数值和运行了平滑估计的值相差较大,请问是否应该重新估计平滑核呢(前期的数据预处理均是利用DPARSFA进行的,但是由于多中心,然后利用代码进行了ComBat)。主要是利用默认值和估计平滑核之后得到的结果相差很大,故来请教一下老师,这种情况应该怎样选择和处理呢?

使用DPABINet进行Network Construction时报错

Submitted by faseraph on

严老师您好!

我使用自己的数据跑DPABISurf Pipeline提取了时间序列,然后导入提取的时间序列到DPABINet做网络构建时出现如下报错,Network Construction设置也在图中,

 

我又尝试了用DPARSF预处理时提取的时间序列做网络构建,还是一样的报错信息,预处理Pipeline和ROI List如下图所示,

请问是网络构建设置有误,还是提取时间序列的设置有误?

Run Dpabisurf with command line

Submitted by YX on

严老师您好,我在服务器上运行Dpabisurf时,需要写成Linux脚本任务调用dpabisurf时有几个问题,请严老师提供帮助,

1,代码中的/opt/DPABI/DPABI_StandAlone/run_DPABISurf_run_StandAlone.sh一般存放在什么位置,我在DPABI文件夹中没有找到,

2,${MCRPath}是指matlab中runtime文件夹中MCR路径是吗?

3,/data/DPABISurf_Cfg.mat 这里的data需要替换成My DATA PATH吗?

谢谢严老师!

Slice order in DPABI

Submitted by Zeqiang Linli on

Dear Dr. Yan, 

DAPBI can get a .josn file from FunRaw data in which the information of slice timing seems to be provided. For example,  the json file have a field: 

"Slice tieming" :[
0.99,
0,
1.045,
....
1.925,
0.935]

I think it indirectly tell us the slice number (=36) and slice order (here is interval ascending).

TFCE检验

Submitted by Rubai Zhou on

各位专家,想请教一下,最近在做不同亚型精神障碍皮层特征分析,未经过TFCE检验的只有很少结果能够通过FDR或FWE校正,但是经过TFCE检验后有更多结果能够通过FDR或FWE校正,但结果与未经过TFCE检验的结果不一致,这种情况有可能发生吗?为什么会出现这种情况?感觉过程中步骤没错,但第一次用TFCE检验,只理解这是一种非参数检验,也没查到更深入的资料,担心这种情况的发生会不会结果不可靠,还望高人指点!

dpabi net 做NBS统计报错

Submitted by Lee on

严老师好,各位老师好,我使用dpabi net做网络分析的时候在做统计时遇到了报错,报错显示如下,不明白为啥双侧大小不一样。预处理是用dpabiSurf来做的,不过这里网络用的是FunVoluWCF这个文件夹的体积文件提取的,并没有做surf的网络。期待你们的解答,非常感谢。

 

dpabi net 做NBS统计报错

Submitted by Lee on

严老师好,各位老师好,我使用dpabi net做网络分析的时候在做统计时遇到了报错,报错显示如下,不明白为啥双侧大小不一样。预处理是用dpabiSurf来做的,不过这里网络用的是FunVoluWCF这个文件夹的体积文件提取的,并没有做surf的网络。期待你们的解答,非常感谢。

 

Parallel computation in the stage of "Prepprocessing with fmriprep".

Submitted by Zeqiang Linli on

Dear Dr. Yan

When I used the DpabiSurf to pre-processe the DemoData posted in this website, I noted that the parallel computation in matlab was not work during the stages of “Convert to BIDS” and “Preprocessing with fmriprep”, in other word, 3 subjects was preprocessed  one by one in order, which is very time comsuming. But in the latter stages such as “slice order”, the parallel computation was work. Although that, “Preprocessing with fmriprep” is the most time comsuming stage and we may more need to do parallel computation in this stage.