Artifacts

Submitted by farras on
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Dear experts,
I ran the DPARSF preprocessing steps on a set of fMRI subjects, and I obtained images with parallel streaks which didn't look right. I am enclosing an example image. Has anyone encountered a similar issue?
Could one reason be that there was radio frequency leakage, as one book suggests? Or could it be the settings of DPARSF that I need to modify?

Thanks!

关于结果(report)

Submitted by 287391600 on
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老师:
      您好!
      我在做双样本T检验时,有些负激活的脑区在小脑的边缘,不在脑实质,有的甚至都跑到四脑室里了,我看report在定位峰值区是也是用的undefined,请问这些区域有没有讨论的意义呢,造成这样的原因会是怎样的呢?
     谢谢!

DMN文献阅读问题

Submitted by wleewell on
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在阅读一篇癫痫默认状态网络的文献中产生了一些问题,望指教,谢谢大家的耐心与时间!
Paper:Altered Functional Connectivity in Default Mode Network in Absence Epilepsy: A Resting-State fMRI Study.
目的:观察癫痫DMN及其内部区域间功能连接的改变。
Data analysis:
1、 DMN Identification: 以PCC的功能连接pattern来定义DMN。

脑亚区功能连接

Submitted by wleewell on
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各位老师,我在关注脑亚区功能连接的文献中,遇到了一些问题,望建议,多谢!
以一篇文献为例:
Bai et al. Aberrant Hippocampal Subregion Networks Associated with the Classifications of aMCI Subjects: A Longitudinal Resting-State Study. Plos one. 2011.
先简要介绍一下该研究:

请教关于DPARSF和REST读取数据次序的问题

Submitted by Lei.Gao on
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各位老师好!
学生有几个问题,想请教各位老师:
1.请问DPARSF和REST软件在读取数据的时候是按照sub1,sub11,sub12,sub2,sub3,sub4,sub5,sub6,sub7,sub8,sub9的次序,还是从sub1~sub12递增的次序呢?
2.那在读取文本文档的时候,次序是按照文档中数据的先后次序吗?
3.在对ALFF做组分析,尤其是配对t检验的时候,取平均的ALFF是不是忽略了全脑信号各自的平均水平呢?虽然平均的ALFF看起来似乎做了标准化的处理,可能更符合正态分布,但是却忽略了两组数据全脑信号的平均水平,这样合理吗?
谢谢老师!


请教关于ROI选择和Clusster Size的问题

Submitted by stand2012 on
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各位老师好,我有两个问题比较困惑,想请求解答。
(1)关于seed-ROI的确定,严老师的视频上说是通过中心坐标和半径来确定,大多数文献中也这样做,现在遇到一个问题是在rest软件中rest slice viewer打开AAL模板后输入基于文献中所提坐标发现并不和文献中的脑区所对应,比如shilin那篇PNAS中有关抑郁症的文献中提到所选种子点Precuneus的坐标为(±7, −60, 21),但在rest软件中rest slice viewer打开AAL模板后输入该坐标发现对应脑区并不是Precuneus,这是什么原因造成的呢?是因为shilin所用模板和rest软件所用分区模板不同造成的吗?那么在这种情况下,如果要做Voxel-Based 功能连接,用上述坐标作为中心坐标还合理吗?

请教一个关于三组人seed-based FC的问题

Submitted by liufeng on
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您好!
我已经看到这个concern:http://www.restfmri.net/forum/node/764#comment-1235,但是现在有一个问题,我有三组人,比如想做pcc为种子点和全脑所有体素算功能连接,然后进行统计,请问过程是否应该如下:

得到r图后用fisher z变换,然后三组人分别单样本t检验并校正,之后用三组校正后的区域的并集做mask1,在这个mask1内做anova并校正,然后得到anova显著的区域并做mask2,然后在这mask2做两两的post-hoc t test。