我想用中文提问 (I want to post in Chinese)

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采用我们的母语,能够进行迅捷有效的沟通。但是鉴于英文是科技通用语言,建议所有研究者采用英文发贴,做为训练自己英语的良机。如果你实在觉得英文无法表达你的思想,请在该论坛中采用美丽的中文提问。

关于alphasim等基于cluster level校正的一点思考

Submitted by liufeng on

Dear all,

最近关于cluster level的校正问题讨论的非常热烈,Eklund组的PNAS文章在世界范围内产生了非常大的反响(很多审稿人已经再问这个问题),SPM组和AFNI组也相继发表了回复文章。看完这些文章,我也有一些疑惑,希望严师兄及圈内人士帮我解惑下:

SPM8自带的VBM与VBM8的Estimate&Write有什么区别

Submitted by Fly2themoon on

SPM8自带的VBM,我是按照John Ashburner的VBM Tutorial一步一步实现的。即New Segment->Run DARTEL->Normalize to MNI,

VBM8的Estimate&Write也可以进行VBM分析,得到分割后的图像。

我看文献里说使用VBM处理过后的灰质图像或者白质图像,那这个白质图像是指的SPM8处理后的smwc1*图像,还是没有经过smoothing的mwc1*图像?又或者是VBM8处理过后的m0wrp1图像呢?

结构MRI图像数据处理:有关ROI signal Extractor的问题。

Submitted by Fly2themoon on
我目前做的一个项目是某种大脑疾病的辅助诊断,对象是结构MRI图像。我现在在用DPABI对分割后的灰质图像提取ROI signals值。
我一直没有找到有关ROI signal Extractor的解释。我的理解:比如说我选择了AAL模板(灰质图像大小为121X145X121,体素大小1.5X1.5X1.5;AAL模板为181X217X181,体素大小1X1X1。我先用Image Reslicer把灰质图像变得和模板一样大小。

可否直接使用已经剥离头骨的大脑

Submitted by Lizzie on

Hi,

目前我在分析数据的时候发现dparsfa里面的bet不能修改参数,部分大脑剥离的有点多,因此我自己剥离了一遍。麻烦问一下,我可以一开始在T1Img文件夹内直接存放已经剥好头骨的大脑吗,并在数据分析的时候不再勾选“bet”?会对最后结果产生影响吗?据我所知,好像剥掉头骨的大脑一般是和剥掉头骨的模板配准的,但是鉴于Dparsfa采用的时候SPM(分割以后再配准),所以不太清楚是否会有影响?另外提供剥离头骨的大脑是否会影响New segmentation进而影响配准效果呢?还望释疑问,非常感谢 :)

 

关于DPABI运行

Submitted by echoqiu77 on

严老师好!

我用DPABI4.0 跑数据一夜后出来的这些我有点看不懂啊,请教这是跑完了吗?现在结果里出来的东西比您在视频里讲的要多很多,请问有没有哪里有说明每个文件夹里是什么内容?如果没有跑完我应该从哪里接着跑呢?

不知道怎么把图粘在提问窗口里,只好放在附件里了:分别为做DPABI 的选项;跑出来的结果;Matlab的报错。

万分感谢!

DPABI中的VBM疑问

Submitted by Freshman2013 on

严老师:您好。

再冒昧请教:几个关于VBM的问题:

  1. DPABI软件中的VBM分析和基于SPM的VBM8分析方法是否一致?
  2. DPABI中模板是怎么产生的?是按照Douaud et al. (2007)文章表述的,从两组样本中选取等量的被试产生study-specific模板吗?
  3. DPABI的VBM分析是否有应用Jacobian校正?

 

Douaud, G., Smith, S., Jenkinson, M., Behrens, T.E., Johansen-Berg, H., Vickers, J., James, S., Voets, N., Watkins, K., Matthews, P., James, A., 2007. Anatomically related grey and white matter abnormalities in adolescent-onset schizophrenia. Brain 130, 2375–2386.

先谢谢了。

祝好。

北京师范大学“计算神经影像与人脑连接组学”课题组2016年招收调剂硕士生

Submitted by sandywang on

p { margin-bottom: 0.1in; direction: ltr; color: rgb(0, 0, 0); line-height: 120%; text-align: justify; }p.western { font-family: "Calibri",sans-serif; font-size: 10pt; }p.cjk { font-family: "宋体","SimSun"; font-size: 10pt; }p.ctl { font-family: "Times New Roman",serif; font-size: 11pt; }a:link { color: rgb(0, 0, 255); }

各位好,北师大贺老师组招收考研调剂,因为是中文版本,故此发在这一版块,欢迎感兴趣的与贺老师联系。

 

关于预处理中的distortion correction

Submitted by liufeng on

各位老师好!

最近碰到了一个审稿问题如下:

The authors failed to do distortion correction in preprocessing. The inhomogeneous B0 field induced distortion usually happens at prefrontal lobe and cerebellar, where the current study mainly focus on. The absent of distortion correction may undermine the reliability of the results.

我想问下distortion correction应该如何做呢?什么软件可以做?

 

谢谢