[DPARSF]setting of Slice-timing in situation of Multi-slice

Submitted by SiyiLi on Tue, 01/12/2021 - 09:37

Dear professors:

 we are confused about the following question raised during Slice-timing.

Version: DPARSF 5.1, advanced edition

**Question1: Is it really feasible to paste Timepoint of slice order into the array of "Slice order" like in SPM?

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About DPARSF calculation of HCP dataset functional connectivity's error

Submitted by Heidi Tang on Mon, 01/11/2021 - 15:15

Respcted Yan, and all,

When I use DPARSF to calculate the functional connectivity of the preprocessed data of the HCP dataset(rfMRI_REST1_LR_Atlas_MSMAll.dtseries.nii), it always prompt the error:

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One-sample, two-sample t-test, ANCOVA

Submitted by FaezeVedaei on Fri, 01/08/2021 - 19:53

Hi Dr. Chao-Gan

 

I have been using DPABI for resting state fMRI , and ALFF measurement on the groups of subjects. I just wanted to do some statistical analysis on the groups including 1-sample, 2-sample t-test and ANCOVA.

I just see on your manual paper that you refered to SPM and REST tools for doing that.

Can you please clarify me what is the tool I can that, as I see DPABI has this tool too.

 

Thank you very much

Faeze

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AAL模板（61*73*61）全脑区中心点坐标

Submitted by Anyi Zhang on Wed, 01/06/2021 - 12:25

尊敬的严老师及各位老师：

大家好！我现在在做AAL模板（61*73*61）全脑区分析，需要该模板中各脑区中心点的坐标，希望严老师或者其他了解的老师方便提供一下，非常感谢。

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Dpabisurf预处理报错

Submitted by Lee on Mon, 01/04/2021 - 05:56

严老师好，各位老师好，这里想请教一个问题，我按照dpabisurf安装流程安装了docker，在dpabisurf   intall的第三部下载了软件并且set了许可证之后开始用1个被试者的数据运行dpabisurf的预处理。在fmriprep这里出现报错，麻烦老师给看一看。非常感谢。
以下TXT文件为报错的信息的复制

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没有结构像数据能不能用DPARSF做预处理

Submitted by Anyi Zhang on Sat, 12/26/2020 - 06:52

尊敬的严老师及各位老师：

        大家好，我最经在做一批网上下载的影像数据，但是没有结构像的数据。不知道这种情况能不能用DPARSF做预处理。我试了一下，有报错，错误显示相应的T1Img不存在。请教一下各位老师，没有结构像时能不能用DPARSF做预处理，如果可以应该怎样做？希望严老师和各位老师有空时予以解答，非常感谢。

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错误使用 spm_slice_vol File too small.

Submitted by Xiao Wang on Thu, 12/24/2020 - 06:41
严老师，您好。我在做preprocessing时，在slicetiming阶段出现了以下错误。想问一下严老师，这种问题是由什么造成的，我该如何解决这个问题。非常感谢严老师的解答。
 
matlab2016a/matlab2019a，spm12，dpabi5.1。数据TR=2s， 时间点=185，nii数据大小为52mb。（刚刚处理过相同参数的数据，可以完成preprocessing）
 
 
 
 
SPM12: spm_slice_timing (v6130)                    13:29:20 - 24/12/2020
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错误使用 spm_slice_vol, File too small.

Submitted by Xiao Wang on Thu, 12/24/2020 - 06:38
严老师，您好，我在做preprocessing时，在slice timing阶段出现了以下错误，想问一下这个是由什么导致的，我应该如何解决这个问题。非常感谢严老师的解答。
 
matlab2016a/matlab2019a, spm12, dpabi5.1. 数据TR=2s，时间点=185，nii数据大小为52mb。（之前处理过相同参数的数据，可以完成preprocessing）。
 
 
 
 
SPM12: spm_slice_timing (v6130)                    13:29:20 - 24/12/2020
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关于y_ReadAll提取ROI信号的问题

Submitted by Xiao Wang on Tue, 12/22/2020 - 05:40
尊敬的严老师，您好。我在用dpabi做preprocessing时，遇到了以下问题，想问问这是如何造成的，我应该怎么解决呢。感谢严老师的帮助，谢谢老师。
matlab2019a，dparsf4.5，没有填入time point（如果填入数字，会在realign时报错，但我检查过所有被试的time point，没有错误，这一点不知为何）没有选择automask，需完成VMHC的处理。
 
 
Extracting ROI signals...
Reading images from "D:\xiaoxiao\try-dpabi\restAR\N003chenwanchun\rAx_BOLD_rsfMRI.nii" etc.
错误使用 y_ReadAll (line 103)
无法执行赋值，因为左侧的大小为 64×64×36，右侧的大小为 64×64×36×185。
 
出错 y_ExtractROISignal (line 56)

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AAL模板（61*73*61）全脑区功能连接问题

Submitted by Anyi Zhang on Thu, 12/17/2020 - 14:38

尊敬的严老师及其他各位老师：大家好！我近期在进行全脑区功能连接分析过程中有些问题想请教一下各位专家。我想用的AAL模板（61*73*61）进行全脑区功能连接，使用的是DPARSF软件，选择extract ROI signal分析过程。分析过程中将AAL模板（61*73*61）选入到define ROI之后没有得到相应的相关矩阵，得到的ROICorrelation_subXXX文件只有一个数值1，详见附件ROICorrelation_sub001.txt。想请教一下这是什么原因？有无解决办法？希望您有时间时能够给予回复。非常感谢。

 

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