请教,已remove了Frinton24且把大于FD*2SD的被试删除,是否可以不scribbing?

Submitted by Freshman2013 on

老师们,

圣诞节快乐!

我的一篇文章大修,由于本人水平有限,有个地方理解不了,特此请教:

1.我的静息态数据预处理,完成:时间校正;头动校正;之后回归nuisance covariates (linear trends, Friston 24, and WM & CSF),之后,将Mean FD(Jenkinson)超出mean FD +2SD的被试删除了。----之后再进行后续空间标准,smooth, fALFF等计算;之后将mean fALFF与行为数据进行协相关分析(以每名被试的mean FD(Jenkinson), gender, age为协变量),

关于头动的问题,审稿老师提出:

“The authors should provide a summary of the number of high motion frames (FD > 0.2) present for individual subjects and consider scrubbing these frames, since doing a partial correlation with the regression effect will only remove effects that are linearly related to FD.”

我的理解是:还需考虑scrubbing?对吗?

2.在审稿回复中,是否可以不考虑scrubbing呢?因为scrubbing会牺牲自由度,而且在“ the ALFF and fALFF calculation in the  current  study  is  based  on  FFT,  which  cannot  be  applied  to scrubbed data due to alteration of its temporal structure by removal of frames. (C.-G. Yan et al. / NeuroImage 76 (2013) 183–201)” 所以,我打算以此来回复审稿老师。因为当时在数据处理时,也是由此来考虑的。

当然,在严老师的这篇文章里提及了,scrubbing如考虑成regressor,在 ALFF and fALFF calculation之前还是可以做的?所以,我比较纠结,拒绝审稿老师似乎不是很好。想听听大家的意见?或有谁遇到过类似情况?

3.但如果真的要做Scrubbing,并且在darsfA里完成的话?按照审稿老师的意见执行:是不是得在nuisance covariates regression (linear trends, Friston 24, and WM & CSF)里再加入head motion scribbing regressors----->scrubbing setting 里选择“FD(Jenkinson”,FD threshold for bad points里输入“0.2”;scrubbing time points before bad time point 选择默认的“1”,scrubbing time points after bad time point 选择默认的“2”.------

----之后再进行后续空间标准,smooth, fALFF等计算。不知我的操作理解是否正确?

4.审稿老师这里还提及“The authors should provide a summary of the number of high motion frames (FD > 0.2) present for individual subjects ”,是不是我得汇总在头动校正时,生成的“realignparameter“文件里每名被试的的Number of FD_Power>0.2数据?如果是这样的话,那我在3,提及的head motion scribbing regressors----->scrubbing setting 里就得选择“FD(Power”呢(我理解这两者是不同的选择而已,应该没有因果联系,我按3做法来进行scrubbing,按Number of FD_Power>0.2 整理相应数据即可,但不是很确定)?

请批评指正。

感激不尽。

Freshman2013

 

YAN Chao-Gan

Wed, 12/24/2014 - 18:20

圣诞节快乐!

1. 我认为你在头动这一块已经做得不错了,采用Friston 24,去除头动过大被试,并且在组分析的时候把Mean FD做为了协变量。鉴于你是做fALFF,我不认为你需要再做一次scrubbing。

2. 可以引用这篇文章,并且指出fALFF自身对头动已经是不太敏感的。

3. Scrubbing 对fALFF造成的影响很大,不建议做scrubbing。

4. 你可以按照审稿人的要求,报告Number of FD_Power>0.2。你可以在RealignParameters下HeadMotion.tsv中找到。

5. 另外,关于“with the regression effect will only remove effects that are linearly related to FD.” 你可以承认确实只能去除线性的影响。但是,采用这样的方法能够很好地控制头动引起的False Positive (当然可能会有False Negative, 如Power et al., 2014 Neuroimage. 但False Positive是大家更担心的)

祝圣诞快乐、新年快乐!

超赣

非常感谢严老师及时回复,解决了我一大非常困惑的问题。

基于上述回复,再请教严老师:我原来的头动处理方法计算完后,再考虑计算Reho的话,可以做scrubbing,也可以不做scrubbing?对吧?只是做了的话,需要担心false postive?

再次感谢严老师。

Freshman2013