我想用中文提问 (I want to post in Chinese)

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采用我们的母语,能够进行迅捷有效的沟通。但是鉴于英文是科技通用语言,建议所有研究者采用英文发贴,做为训练自己英语的良机。如果你实在觉得英文无法表达你的思想,请在该论坛中采用美丽的中文提问。

关于Automask和group mask 图像异常

Submitted by Lynn1998 on

老师您好!

我在预处理过程中选择了Auto mask,但是查看生成的mask时发现是个不规则的多边形;后面根据Auto mask生成的group mask同样是个不规则的图形;我想请问一下发生这种情况的原因是什么?

后续在统计分析分析中,我们采用了软件自带的mask,但是结果显示了较多边缘区域有显著差异,请问这种情况下我们应该如何解决呢?

期待您的回复!

如何在DPABI_VIEW的new cluster report时导入BNA_246 atlas

Submitted by yuting on

您好,我在用DPARSF做FC时采用的是BNA246模板,所以在查看结果时也想用这个模板,但是直接把DPABI里自带的BNA246的label表导入成.mat不太行,请问怎么才能报告BNA_246的结果呢?谢谢

对两个样本的mALFF进行双样本处理,最后只得到了右半脑的差异

Submitted by treasure_girl on

各位老师好,我在对ALFF进行处理时,出现了最后最在右半球有差异性,想问一下是不是我做的步骤有问题,首先,我利用单样本t检验对两组被试进行了t检验,然后在utilities中利用Image Calcluator计算((i1>0)+(i2>0))>0,得到一个差异性的mask值,然后对其进行双样本t检验,采用了PALM,最后在viewer中利用视频中的说明,得到的图,只有在右半球有差异性,但我翻阅了一些文献,发现左右半球都是有的,随后我去掉了双样本t检验中的mask,同样也只是在右半球。感谢各位老师的指导。

有关标准化的一些问题

Submitted by CrystalLI on

严老师 您好!:

我是一名初学者,目前正在学习应用dpabi对静息态数据进行处理,想请教一些有关normalize 的问题。

在控制面板中我发现normalize的默认参数为[3 3 3],通过检查我自己的.dcom数据发现原始数据是[2 2 2.3]。想请问一下1)在处理这批数据时我需要将默认参数修改为「2 2 2」吗?2)如果我需要修改,那前面的bounding box 需要修改吗?3)我其实自己尝试了将参数修改,但在最后进行统计分析的时候如果需选择61*73*46的模版统计时会报错,但如果选用自制90%的mask就不会报错,想问一下我应用生成的90%的mask有没有问题,为什么在「3 3 3」的时候61*73*46 模版可以进行统计,而「2 2 2」时不行?

关于结构像数据的一些信息的咨询

Submitted by jessica on

管理员,您好

我们最近做了一篇基于结构做分类抑郁症的文章,其中有两条审稿意见需要贵组提供一些帮助,这两条意见如下:

1.审稿人提到没有列出T1图像的参数。审稿人问到这25个站点的参数是一样的吗?如果没有,是否采取了措施将网站的影响降到最低?

2.审稿人还问了用药等情况,但表里面没有服药和首发复发情况,请问能不能把这个信息也共享一下。

非常期待您的回复,如果能得到您的帮助,我们会非常感谢!

 

jessica

DPARSF 5.3 预处理回归协变量报错

Submitted by 清茶品也醉 on

严老师   您好!:

               我在用ADNI数据跑预处理流程时,能成功生成T1ImgNewSegment文件,但执行后续步骤就会报错,错误信息如下:

Extracting ROI signals...错误使用 DPARSFA_run (第 2757 行)

找不到尝试执行工作进程的 parfor 循环的源代码(D:\Program\MATLAB2021\toolbox\DPABI_V6.1_220101\DPARSF\DPARSFA_run.m)。

出错 DPARSFA>pushbuttonRun_Callback (第 1854 行)

    [Error, Cfg]=DPARSFA_run(handles.Cfg);

出错 gui_mainfcn (第 95 行)

        feval(varargin{:});

出错 DPARSFA (第 30 行)

关于ANCOVA post-hoc bonferroni的计算结果与方法的探索

Submitted by Oscar on

严老师好,

    感谢DPABI,让我们能够很方便地进行一系列的脑影像数据的预处理,甚至一些常用的统计分析。

    最近我在分析ROI的功能连接的时候,发现这里无法直接对矩阵进行统计分析,而自己又比较喜欢用matlab,便写了一套代码进行ANCOVA分析,以及将其进行事后检验(bonferroni校正)。

而我也是将结果与DPABI中的图像比较的结果相比对,以确保自己的方法没有问题的。

    而后来我发现了一个问题。就是在使用ANCOVA的时候,其事后检验的t值的计算,可能没有按照协变量的bonferroni t的公式来计算,而是直接根据下图1这个公式来计算的。

    为什么这么说呢,因为我原先使用的是图1这个公式,得到的结果跟DPABI检验ALFF得到的结果一致,我自己也是最近看书的时候才知道在有协变量的时候,应该是要使用图2和图3的公式,会更加精准一些(关于图2里面的分母,根号到底是有没有包含进去,我也还在琢磨,您可以发一下邮箱,我将书籍发送给您)。

关于FC和ROIsignals

Submitted by Oscar on

严老师好!

    我在处理fRMI数据的时候,通过ReHo和fALFF计算得到显著的区域,打算将其作为ROI进行功能连接分析。

但我不是很明白functional connectivity和ROI time courses的区别。按照视频中的内容,FC是voxel-wise seed based的相关分析,

而ROI time courses是ROI-wise的功能连接分析,则应该选择ROI time courses才对。但这样说的话,FC又是在什么情况下才使用呢?

 

    另外就是在使用两种方法之后,发现ROI time courses中提取时间序列的数值,就是对应的种子点的均值,这个是可以理解的;而FC得到的

SeedSeries则不是简单的均值(虽然数值上很接近,但确定是不一样的)。关于这个问题,实际上严老师17年就在

http://rfmri.org/content/difference-between-time-series-extracted-functional-connectivity-analysis-and-extract-roi