DPARSFA数据说明

DPARSFA大多数文件夹的组织方式为：工作路径\被试名\数据文件。

FunRaw：该文件夹下包含了所有被试扫描数据的DICOM文件。

FunImg：该文件夹下包含了所有被试的功能像NIFTI格式文件，一般情况下，这些文件由DPARSF中的“dcm2nii”功能自动生成。除非特别声明，以FunImg开头的文件夹下存储的都是NIFTI格式文件。

FunImgA：“A”表示时间层矫正。该文件夹下存储了去除前10个时间点并进行了时间层矫正的数据文件。

FunImgAR：“R”表示头动矫正。该文件夹下存储的是在FunImgA文件中数据的基础上进行了头动矫正后的数据文件。

FunImgARC：“C”表示噪声去除（不包括全局信号回归）。该文件夹下存储的是在FunImgAR文件中数据的基础上进行了噪声去除（不包括全局信号回归）后的数据文件。

FunImgARglobalC：“globalC”表示噪声去除（包括全局信号回归）。该文件夹下存储的是在FunImgAR文件中数据的基础上进行了噪声去除（包括全局信号回归）后的数据文件。

FunImgARCovs：存储了在噪声去除的过程中使用的线性回归模型中包含的协变量。

FunImgARCW／FunImgARglobalCW：“W”表示空间标准化。存储了对FunImgARC或者FunImgARglobalC文件夹中的文件进行空间标准化后的数据。

FunImgARCWF／FunImgARglobalCWF：“F”表示带通滤波。存储了在FunImgARCW或者FunImgARglobalCW中数据的基础上进行带通滤波后的数据。

FunImgARCWFsym／FunImgARglobalCWFsym：“sym”代表对称模板。该文件夹内存储的功能数据在FunImgARCWF或者FunImgARglobalCWF中数据不同，被配准到了对称的脑结构模板上，以便于VMHC的计算（参见“静息态功能磁共振指标”中有关体素镜像同伦连接的部分）。

FunImgARCWFsymS／FunImgARglobalCWFsymS：“S”表示平滑。这些数据在FunImgARCWFsym／FunImgARglobalCWFsym中数据的基础上进行了平滑（平滑核4mm），以进行VMHC的计算（参见“静息态功能磁共振指标”中有关体素镜像同伦连接的部分）。

T1Raw：所有被试DICOM格式的T1加权结构像数据。

T1Img：该文件夹下包含了所有被试的T1加权结构像NIFTI格式文件，一般情况下，这些文件由DPARSF中的“dcm2nii”功能自动生成。除非特别声明，以T1Img开头的文件夹下存储的都是NIFTI格式文件。

T1Coreg：“Coreg”表示配准。存储了与功能像进行配准后的结构像数据。

T1ImgNewSegment：“NewSegment”表示分割。该文件存储了经过DARTEL算法分割为灰质、白质和脑脊液的结构像数据。

该文件夹中的文件可以作为脑结构分析的原始数据。在各个被试的文件夹下存储有分割后得到的结构数据，较为常用的有（由于具体文件名可能会有所不同，这里仅列出这些对应文件的文件名的前缀字母，文件名中包含有这些字母的文件即为对应的结构像数据文件）：

c1: 个体空间内的灰质密度；

c2: 个体空间内的白质密度；

c3: 个体空间内的脑脊液密度；

wc1: MNI空间内的灰质密度；

wc2: MNI空间内的白质密度；

wc3: MNI空间内的脑脊液密度；

mwc1: MNI空间内的灰质体积；

mwc2: MNI空间内的白质体积；

mwc3: MNI空间内的脑脊液体积；

u_rc1: 由个体空间转换为组模板；

Template_6.nii.gz: 组模板；

Template_6_2mni: 转换到MNI空间的组模板。

Masks：存储了由DPARSF生成的所有mask。

AutoMasks：基于功能像自动生成的mask（与AFNI中的3dAutoMask类似）。以“w”开头的文件表示这是标准化到MNI空间的结果。

SegmentationMasks: 基于结构像分割结果生成的白质和脑脊液mask。

WarpedMasks: 个体空间内的白质和脑脊液mask，通过将标准mask变形回个体空间获得。

PicturesForChkNormalization：用于检查空间标准化效果的图片。标准化后的功能像被覆盖在MNI空间内的高精度3D解剖图像上（带头骨的不透明版本）。

QC：存储了之前对所有被试图像进行质量控制时的评分和批注。

RealignParameter：该文件夹存储了头动去除的过程中使用的参数。

ReorientMats：手动进行reorient后生成的参数文件。在接下来的处理中如果需要跳过reorient这一步，只需将该文件夹重命名为“DownloadedReorientMats”并拷贝至新的工作路径下。

SymmetricGroupT1MeanTemplate：之前生成的组对称模板（参见“静息态功能磁共振指标”中有关体素镜像同伦连接的部分）。

Result／ResultsS：该文件夹下包含了所有的静息态功能磁共振指标以及功能连接的数据文件，是主要的结果路径。带有“S”后缀的文件夹表示该文件夹下的结果文件经过了平滑。一般情况下，该文件夹包含了5种静息态功能磁共振指标以及使用预设种子点计算的功能连接结果文件。

静息态功能磁共振指标存储于文件名为“XXXX_FunImgXXXX”的文件夹下。下划线“_”之前的部分代表这个文件夹中存放了哪个指标的结果文件，之后的部分代表这个结果是基于哪个中间结果计算的。例如“ALFF_FunImgARCW”文件夹表示该文件夹存储了基于“FunImgARCW”文件夹下的中间结果计算的ALFF指标结果。

“XXXX_FunImgXXXX”文件夹中包含了所有被试的结果文件，对于ALFF、fALFF和ReHo来说，每个被试有3个结果文件：“XXXXMap_SubXXX”、“m XXXXMap_SubXXX”、“zXXXXMap_SubXXX”。下划线“_”之前的部分代表指标名称以及指标经过的处理，“m”代表这些指标的数值减去了该被试全脑所有voxel的均值，“z”代表代表这些指标的数值减去了该被试全脑所有voxel的均值并除以标准差。下划线“_”之后的部分为被试编号。对于DegreeCentrality来说，每个被试包含6个结果文件，其它部分的意义相同，文件名中额外附加的“PositiveBinarizedSum”表示对DegreeCentrality指标进行二值化处理，而PositiveWeightedSum表示计算DegreeCentrality指标的加权和。对于VMHC来说，结果仅包含带有“z”前缀的和不带该前缀的结果。

ROISignals_FunImgARCWF／ROISignals_FunImgARglobalCWF：这两个文件夹包含了所有被试使用预先定义的种子点计算的功能连接的相关结果。带有“global”字样的文件夹表示经过了全局信号回归。

每个被试包含了7个文件，其中“ROI_OrderKey_SubXXX.tsv”存储了SubXXX被试所有的ROI编号以及ROI文件路径信息。

ROICorrelation_Sub001.mat／ROICorrelation_FisherZ_Sub001.mat／ROICorrelation_Sub001.txt／ROICorrelation_FisherZ_Sub001.txt：存储了一个NN的矩阵（N代表预定义的种子点数目），其中第i行与第j列存放了编号分别为i和j的种子点之间的功能连接。“FisherZ”代表这些功能连接的数值经过了Fisher’s Z转换，更加服从正态分布。

ROISignals_Sub001.mat／ROISignals_Sub001.txt：存储了一个PN的矩阵。P代表了时间点数目，N代表了预定义的种子点数目。矩阵的第i列表示编号为i的种子点的平均时间序列。