图像处理中的困惑

老师们好，我在处理一批图像，但是这些图像采集的不太好，主要是结构像、功能像图像信号不均匀，额叶整体信号很低，甚至肉眼难以分辨灰白质（听说当时MR机器出了点问题）。静息态图像配准标准化效果不好，但是做VBM分析分割、标准化的图像看起来还不错。另外部分图像相位编码方向可能是左右。在进行不同的尝试后，还是不确定怎么处理。

1. 看了个视频，上面说segment后的mco开头的文件是bias corrected 后的T1，如果把这些mco开头的文件拿出来替换T1Img，是否合适呢？（试了下，T1配到功能像上确实会好很多，但是T1 Newsegment文件夹中有几个灰白质分割图很怪异，比如说，灰质图看起来像是脑脊液图）。

2.如果用spm把每个个体的T1 reorient到与MNI空间的T1（我用中国人的MNI T1作为参考），再把每个个体的功能像reorient到个体的T1，并且做到高度重合（除了变形的脑区）。对于配得不好的，能否这样手动调整coregister呢？（比较了一下，部分图像手动配准的至少在轮廓、大的结构如尾状核头上更加契合，具体脑回的灰白质对比不太清楚，不好比较）。

3. dpabi中reorient是在时间层校正和realign之后进行的，如果先进行reorient，再进行slice timing, realign及后续，是否也是无妨？

4.相位编码方向为左右的图像，是否应该去掉不用呢？我不懂底层的代码算法，不知道相位编码方向是否会影响结果（只知道颅底会变形很厉害）。

5. 另外我在做VBM分析后，比较了下平滑后生成的图，mask，MNI空间的T1，看到前两个比MNI空间的灰质范围要大，会包括到不应该有的脑区，比如说中脑的顶部。而我的结果显示的差异一部分正好在这里。。这该怎么办？

和这批图像斗争太久了。。拜托各位老师帮我看看~