Manufacturer: SIEMENS Model name: Verio Study id: 1 Series number: 18 Repetition time (ms): 1900 Echo time[0] (ms): Echo time[1] (ms): 2.79 Inversion time (ms): 900 Flip angle: 9 Number of averages: 1 Slice thickness (mm): 1 Slice spacing (mm): Image columns: 384 Image rows: 384 Number of frames: Phase encoding direction: ROW Voxel size x (mm): 0.677083 Voxel size y (mm): 0.677083 Number of volumes: 1 Number of slices: 176 Number of files: 176 Number of frames: 0 Slice duration (ms) : 386965 Orientation: sag
这些被试的时间点数可能不对，请检查。
这些被试的时间点数可能不对，请检查。
严老师，您好
严老师，您好
您提及的被试时间点数不对，是说我的被试编号不连续吗？是这样的，我的所有被试都是在smooth这一步报错的。因为我的实验组有21名被试，因为数据处理需要，我删除了4名被试，分别是2、4、11、16号被试。
我需要把被试的编号连续了，再跑一边数据试试吗？
祝好！
志霞
Time Pints 就是时间点数
Time Pints 就是时间点数
确认一下每个被试是不是有176个时间点，或者说176个volume
可以用itk-snap打开nii文件确认一下
非常感谢回复！！！
非常感谢回复！！！
我看了下，t1里面附带的文件（就是把文件从dcm格式转换成nii格式后，有一个可以打开的文本文件），相关设置信息如下：
Manufacturer: SIEMENS
Model name: Verio
Study id: 1
Series number: 18
Repetition time (ms): 1900
Echo time[0] (ms):
Echo time[1] (ms): 2.79
Inversion time (ms): 900
Flip angle: 9
Number of averages: 1
Slice thickness (mm): 1
Slice spacing (mm):
Image columns: 384
Image rows: 384
Number of frames:
Phase encoding direction: ROW
Voxel size x (mm): 0.677083
Voxel size y (mm): 0.677083
Number of volumes: 1
Number of slices: 176
Number of files: 176
Number of frames: 0
Slice duration (ms) : 386965
Orientation: sag
如果您说的是volume的数量，难道是那个number of volumes :1吗？
用itk-snap打开被试t1图像时，在metadata中信息如下：
ITK_FileNotes：t1_mpr_ns_sag_p2_iso
dim[0]：3
dim[1]：384
dim[2]：384
dim[3]：176
dim[4]：1
dim[5]：1
dim[6]：1
dim[7]：1
dim_info：6
slice_end：175
slice_start：0
不好意思，小白入门，不懂的实在的是太多，烦请告知是哪一个，谢谢了！
祝好！
志霞
看你的配置，应该是要做T1图像的分割
看你的配置，应该是要做T1图像的分割，不需要勾选Smooth选项。
该选项是对fMRI图像进行smooth。
time points是BOLD图像的时间点个数。要打开BOLD.nii查看meta信息。对应ITK_FileNotes里的dim[4]。
顺带说一句，TR如果不知道的话，对应的是pixdim[4]，但一般TR都是已知的。
非常感谢回复，谢谢！
非常感谢回复，谢谢！
（1）我确实要做T1图像的分割；用dti序列分析被试的灰质。可能我只有dti序列，把所有的文件找了个遍，并没有找到BOLD.nii文件，我又打听了一下，好像那是静息态序列产生的文件。不过，还是很感谢您这么详细的解释。对于TR，在转化后的文件中，有Repetition time (ms): 1900。
（2）把time points设置改成了0，然后就成功了，没有报错。我同门跟我讨论了一下，可能是time points 是针对4D文件的，而目前我上传的文件是3D的，所以设置为零，不知道这样理解对不对？
（3）请问，针对像我这种入门小白，不知道您推荐什么书我去读一下，毕竟有的时候，一是不懂得太多，不知道从哪里问起；二是害怕问的问题太简单，自己还真是不会。多谢了！
祝好！
志霞
time points 是针对4D图像。
time points 是针对4D图像。
我就不去读Code了，但是只要你能够顺利得到分割结果就行。
我也是跨领域重新学习，没系统读过什么书，主要是读code，读paper。
不过严老师的教学视频可以作为一个入门资料。
可以问问严老师有无其它推荐。
好的，非常感谢。 祝好！ 志霞
好的，非常感谢。
祝好！
志霞