DPABI/DPABISurf/DPARSF

严老师您好，

         我想请问一下dpabi能否处理小鼠的数据？我看了您的视频教程，里面简单地介绍了大鼠和猴子的处理，请问dpabi有小鼠大脑的模板吗？如果处理小鼠的数据是否有什么需要注意的地方呢？感谢您的解答！

Hui

Dear Prof Yan

I have some questions about statistical analysis.

In our study, all patients were assigned to three groups, with two different medication treatment and one medication-naive control. And all these patients accepted MRI scan at baseline and after 12 weeks. Now, my question is as followings:

1. Can we compare the group × time interaction effects on brain activity indicators by repeated measures ANOVA, such as ALFF,fALFF and ReHo. At first, I try to do this by mixed-effects comparison, but it can only treat two factors.

各位老师好！

          尊敬的专家：

                    您好，我通过dpabi中的Extract ROI courses 对AAL、哈佛牛津地图、CC200等4个地图集进行了ROI区域时间序列提取，我想知道的是dpabi在提取ROI时间序列的时候，是通过什么样的计算方式。是分别对每个ROI区域内进行标准化后输出吗？（减均值/标准差），还是通过其他方式？第二个问题，如图所示，ROI Signals_Sub_XX.mat 是每个ROI区域的时间序列吗？   在视频中我并没有看到这一点的讲解，我对ROI提取十分感兴趣，期待您的答复！

        祝您工作愉快！

Hi,

When running DPARSF with the attached specifications, we are asked to manually reorient the image (see screenshot).

Is this something normal/correct, or can it be avoided?

           尊敬的专家：

                           您好，我有一个很愚昧的问题需要请教。在做Group ICA分析正常人与病人的时候，我们应该将正常人和病人分别作为一组进行Group ICA，还是应该将正常人与病人都放在一起然后进行Group ICA？

Dear Prof Yan,

Thank you for your response.

1. For FWHM values, it was obtained from DPABI->Statistical Analysis without PALM; the values are (FWHM, in mm) = [1.524, 1.389, 1.300]. You commented that it seems too small, can I check what can be done about this?

尊敬的严老师您好：

       我目前参与分析的两组被试中，第一组有114例，第二组19例，扫描时voxel为4x4x4，我若将排除头动的标准由3mm/3 degree+FD>0.2升高至4mm/4 degree+FD>0.2，第二组可增加3例被试，这样的排除头动标准审稿人会接受吗？

      感谢严老师

各位老师好，

        最近正在学习DPABISurf的使用，也研究了fmriprep。相比于官方的fmriprep，DPABISurf提供了更好的交互界面（用户体验），以及后续的一系列处理，如regress out nuisance， smoothing，filtering ...， 十分方便，感谢DPABI团队提供如此优秀的工具包。在使用的过程中我也遇到了一些问题，希望各位老师指教。

       1） 关于fmriprep提供的volume空间分辨率只有1m, 2m 和 native， 如果想要配准到3m*3m*3m标准空间怎么办？（数据的原始分辨率比较大，2m会增加计算负担，且可能信息冗余）。如果可以直接resample的话，我应该先配准到哪个分辨率（1m,2m 或者 native）？如果我的处理步骤是FunVoluWCSF的话，我应该把resample放在哪步之后比较好？

Dear professor Yan, 

I'm using the dpabi toolbox to calculate functional connectivity for two group of subjects and trying to compare the result, and I have the 3 following questions:

1. Which text file I should select to put into network analysis for graphic properties: the one from 'ROISignals_FunImgARCWS' or the one from 'ROISignals_FunImgARglobalCWS'?

2. The similar one with the first: which result I should look at if I want to compare FC results between the two group: the ones from 'FC_FunImgARCWS' or 'FC_FunImgARglobalCWS'?