DPABI/DPABISurf/DPARSF

Generate group mask - wautomask missing

Submitted by jdronse on

Dear DPABI team,

I try to create the 90% EPI coverage mask using the respective function in quality control. I preprocessed the data using DPABIsurf pipeline and fMRIprep. 

I keep getting the error message 

Reading images from "/Users/julian/Documents/Research/DPABI_Surf_neworder/Masks/AutoMasks/wAutoMask_Sub_001.nii" etc.

Error using y_Read (line 54)

请教DPABISurf在Linux中跑出结果的root所有者问题

Submitted by sunnystar2013 on

各位老师好:

最近刚开始接触DPABISurf和Docker,我想请教Linux下一个关于Docker运行结果的所有者的问题。

首先,按照下面的方法,在Linux上让管理员用root账户配置了我的账号:

# 添加 docker 用户组

sudo groupadd docker

# 把需要执行的 docker 用户添加进该组,这里是 ABC

sudo gpasswd -a ABC docker

# 重启 docker

统计分析-GRF

Submitted by Anna01 on

各位老师您好:

         我在进行统计分析的多重校正时,选用了GRF。发现系统默认的平滑核的数值和运行了平滑估计的值相差较大,请问是否应该重新估计平滑核呢(前期的数据预处理均是利用DPARSFA进行的,但是由于多中心,然后利用代码进行了ComBat)。主要是利用默认值和估计平滑核之后得到的结果相差很大,故来请教一下老师,这种情况应该怎样选择和处理呢?

Run Dpabisurf with command line

Submitted by YX on

严老师您好,我在服务器上运行Dpabisurf时,需要写成Linux脚本任务调用dpabisurf时有几个问题,请严老师提供帮助,

1,代码中的/opt/DPABI/DPABI_StandAlone/run_DPABISurf_run_StandAlone.sh一般存放在什么位置,我在DPABI文件夹中没有找到,

2,${MCRPath}是指matlab中runtime文件夹中MCR路径是吗?

3,/data/DPABISurf_Cfg.mat 这里的data需要替换成My DATA PATH吗?

谢谢严老师!

Slice order in DPABI

Submitted by Zeqiang Linli on

Dear Dr. Yan, 

DAPBI can get a .josn file from FunRaw data in which the information of slice timing seems to be provided. For example,  the json file have a field: 

"Slice tieming" :[
0.99,
0,
1.045,
....
1.925,
0.935]

I think it indirectly tell us the slice number (=36) and slice order (here is interval ascending).

dpabi net 做NBS统计报错

Submitted by Lee on

严老师好,各位老师好,我使用dpabi net做网络分析的时候在做统计时遇到了报错,报错显示如下,不明白为啥双侧大小不一样。预处理是用dpabiSurf来做的,不过这里网络用的是FunVoluWCF这个文件夹的体积文件提取的,并没有做surf的网络。期待你们的解答,非常感谢。

 

dpabi net 做NBS统计报错

Submitted by Lee on

严老师好,各位老师好,我使用dpabi net做网络分析的时候在做统计时遇到了报错,报错显示如下,不明白为啥双侧大小不一样。预处理是用dpabiSurf来做的,不过这里网络用的是FunVoluWCF这个文件夹的体积文件提取的,并没有做surf的网络。期待你们的解答,非常感谢。