1. 用SPM完成预处理步骤，想用DPABI完成CSF、WM、头动的nuisance removal，文件夹应该如何排列？整个过程中用到了什么文件？
2. 在http://www.rfmri.org/comment/3173#comment-3173中推荐Remove Covariance--> ALFF computation --> Bandpass filter 的计算方式，用DPABI操作时候设置如下：
.jpg)
我的问题集中在按键1和按键2的function，我的猜想：按键1中的频段范围是用来是对fALFF进行设置的，决定做fALFF的时候，计算公式中分子的取值范围，和ALFF没有实际关系。按键2是用来滤波的
3. 利用DPABI做SPM12中的new segment，而不用DARTEL，如何设置？
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1. 如果采用SPM完成预处理
1. 如果采用SPM完成预处理，你需要整理出预处理后的FunImg文件夹，然后把头动文件放入RealignParameter文件夹中。会有比较大的整理工作量，建议采用DPARSF进行自动处理。
2. 按键1中的频段范围对ALFF和fALFF都有效（决定fALFF中的分子）。按键2与ALFF、fALFF无关，是在进行完ALFF和fALFF计算之后，对数据进行滤波，为计算其他指标做准备。
3. DPABI对于New Segment后的数据，会自动进行DARTEL操作，这一步不能跳过。New Segment的结果也自然在结果文件夹中。SPM12兼容的DPABI即将发布。
祝一切顺利！
超赣
谢谢您这么及时的回答!
谢谢您这么及时的回答!
对于问题1,我自己试验一下,写个脚本应该可以解决，我想用SPM12中的new segment。
对于问题2，进一步的提问，在撰写文章时，我的预处理的流程是Slice timing、Realign、Normalize（EPI template）、Smooth、Nuisance Removal（Polunomial trend =1，包含了detrend过程，后面不必再做, 去除Rigid-body 6、WM、CSF）、filter、FFT变换、ALFF/fALFF，但是，在DPABI操作check选项的时候，因为ALFF+fALFF后面的Band0.01-0.08(见下图红框)，这个选项实际上已经完成了ALFF/fALFF在0.01-0.08频段的计算，因此我是不用点选红框右侧filter按钮的，DPABI点选具体如截图所示：
我的理解对么？
对于问题3，没有进一步问题。
再提几个问题:
4.Nuisance Removal中如果我要去除CSF和WM的信号，采用DPARSF制定的模板（即：SPM模板），建议的阈值分别设置成多少？
5.DPABI中，对于相同的操作内容，如Slice timing、Realign、Normalize，会因为勾选时候的顺序不一样，而处理时候的步骤顺序不同么？
6.ReHo完后进行Smooth，是否check smooth ReHo后，再修改.jpg)
中的FWHM参数即可？我看了中文教程PART I 1:01:05的时候似乎是这么说的。
期待新版的发布，这样我就不用来回跳着使用软件了！
祝好！再次谢谢您的耐心解答
2. “filter、FFT变换、ALFF/fALFF”
2. “filter、FFT变换、ALFF/fALFF”。写文章的时候也不要写filter。做fALFF之前是不能进行filter的。不用选右侧filter框。
4. 70%、90%。
5. 不会。
6. 是的。
祝一切顺利！
超赣
提个小建议，在Nuisance、filter这两个选项中
提个小建议，在Nuisance、filter这两个选项中，一旦check对应需要调整参数的地方就由灰色变成蓝色，或者点亮，但是ReHo 以后smooth那个check以后，上面的FWHM也不会变蓝，让人觉得没有地方设置参数，建议这个也变蓝，这样人就知道一旦check了ReHo后面的smooth选项，可以通过FWHM来调smooth kernel
实践了一下，遇到问题，再提问：
7.预处理看到有文章slice timing->Realign->Nuisance->Normalize……,有的文章slice timing->Realign->Normalize->Nuisance……，我看教程里面讲的是前者，这个你怎么看？
8.我在实际中使用slice timing->Realign->Nuisance->Normalize的顺序，如果check按键1（见下图），会出现如下报错，但是check按键2，顺利过，看提示我估计是对模板MASK的Reslice除了问题，正确答案是为什么呢?按键1和按键2处理的结果都一样么？
报错：
谢谢您的详细解答！
祝好！
谢谢你的建议。
谢谢你的建议。
7. 我认为Nuisance Regression应该越早越好。
8. 采用按键1，你看一下Warped Mask里面有相应的Mask吗？你测试一下，是否是因为跳过Realign导致一些相应的文件没有生成。理论上跳过这一步应该不影响。按键1与按键2的结果应该有所不同。
祝一切顺利！
超赣
对于8的回答：
对于8的回答：
是我的问题，我采取的流程是Slice Timing->Realign-> Nuisance->NEW Segment(SPM12)->Normalize(SPM12)->FILTER……出现报错的原因是没有找到CSF和WM的模板。
进一步问问题：
9.因为我的处理步骤导致没有Native Space下的模板，所以我的调整步骤有2种选择：a) 将SPM aprioi模板和Realignment后的mean文件Reslice成Native Space,然后继续操作；b)将步骤改成Slice Timing->Realign->NEW Segment(SPM12)->Normalize(SPM12)->Nuisance（采用SPM apriori）->FILTER……，你推荐哪个步骤？为什么？
10.对于Nuisance removal步骤，如果我要采取自己做segment（非DPABI设定的步骤）生成模板，那么产生的CSF和WM模板文件我应该如何命名？文件夹如何命名？才能符合软件规范？
11.我发现Nuisance Removal后的文件是4D的，但是，我后期的处理是3D的，有没有最简单的操作步骤把4D变3D？还是我需要用dcm2nii转换？还是在matlab中通过gunzip命令转换？或者是在源程序里面修改参数都可？
12.兼容SPM12 new segment的DPABI什么时候发布?
谢谢哦！
9. a不行，因为不能简单地reslice
9. a不行，因为不能简单地reslice，需要变换到原始空间。
10. CSF命名为c3*，WM命名为c2*.
11. REST->Utilities->.nii to nifti pairs (.hdr/img).
12. 预计7月10日发布。
超赣
nuisance setting
老师好，请问在nuisance setting中一定需要勾选WM吗？只勾选CSF和both with&without global signal可以吗？
如果你有足够强的假设，也可以不勾选WM
如果你有足够强的假设，也可以不勾选WM