DPABI中nuisance removal文件夹设置

1.        用SPM完成预处理步骤,想用DPABI完成CSF、WM、头动的nuisance removal,文件夹应该如何排列?整个过程中用到了什么文件?

2.        在http://www.rfmri.org/comment/3173#comment-3173中推荐Remove Covariance--> ALFF computation --> Bandpass filter 的计算方式,用DPABI操作时候设置如下:

我的问题集中在按键1和按键2的function,我的猜想:按键1中的频段范围是用来是对fALFF进行设置的,决定做fALFF的时候,计算公式中分子的取值范围,和ALFF没有实际关系。按键2是用来滤波的

3.        利用DPABI做SPM12中的new segment,而不用DARTEL,如何设置?

Forums:

1. 如果采用SPM完成预处理,你需要整理出预处理后的FunImg文件夹,然后把头动文件放入RealignParameter文件夹中。会有比较大的整理工作量,建议采用DPARSF进行自动处理。

2. 按键1中的频段范围对ALFF和fALFF都有效(决定fALFF中的分子)。按键2与ALFF、fALFF无关,是在进行完ALFF和fALFF计算之后,对数据进行滤波,为计算其他指标做准备。

3. DPABI对于New Segment后的数据,会自动进行DARTEL操作,这一步不能跳过。New Segment的结果也自然在结果文件夹中。SPM12兼容的DPABI即将发布。

祝一切顺利!

超赣

谢谢您这么及时的回答!

对于问题1,我自己试验一下,写个脚本应该可以解决,我想用SPM12中的new segment。

对于问题2,进一步的提问,在撰写文章时,我的预处理的流程是Slice timing、Realign、Normalize(EPI template)、Smooth、Nuisance Removal(Polunomial trend =1,包含了detrend过程,后面不必再做, 去除Rigid-body 6、WM、CSF)、filter、FFT变换、ALFF/fALFF,但是,在DPABI操作check选项的时候,因为ALFF+fALFF后面的Band0.01-0.08(见下图红框),这个选项实际上已经完成了ALFF/fALFF在0.01-0.08频段的计算,因此我是不用点选红框右侧filter按钮的,DPABI点选具体如截图所示:

我的理解对么?

对于问题3,没有进一步问题。

再提几个问题:

4.Nuisance Removal中如果我要去除CSF和WM的信号,采用DPARSF制定的模板(即:SPM模板),建议的阈值分别设置成多少?

5.DPABI中,对于相同的操作内容,如Slice timing、Realign、Normalize,会因为勾选时候的顺序不一样,而处理时候的步骤顺序不同么?

6.ReHo完后进行Smooth,是否check smooth ReHo后,再修改中的FWHM参数即可?我看了中文教程PART I 1:01:05的时候似乎是这么说的。

期待新版的发布,这样我就不用来回跳着使用软件了!

祝好!再次谢谢您的耐心解答

 

2. “filter、FFT变换、ALFF/fALFF”。写文章的时候也不要写filter。做fALFF之前是不能进行filter的。不用选右侧filter框。

4. 70%、90%。

5. 不会。

6. 是的。

祝一切顺利!

超赣 

提个小建议,在Nuisance、filter这两个选项中,一旦check对应需要调整参数的地方就由灰色变成蓝色,或者点亮,但是ReHo 以后smooth那个check以后,上面的FWHM也不会变蓝,让人觉得没有地方设置参数,建议这个也变蓝,这样人就知道一旦check了ReHo后面的smooth选项,可以通过FWHM来调smooth kernel

实践了一下,遇到问题,再提问:

7.预处理看到有文章slice timing->Realign->Nuisance->Normalize……,有的文章slice timing->Realign->Normalize->Nuisance……,我看教程里面讲的是前者,这个你怎么看?

8.我在实际中使用slice timing->Realign->Nuisance->Normalize的顺序,如果check按键1(见下图),会出现如下报错,但是check按键2,顺利过,看提示我估计是对模板MASK的Reslice除了问题,正确答案是为什么呢?按键1和按键2处理的结果都一样么?

报错:

谢谢您的详细解答!

 

祝好!

谢谢你的建议。

7. 我认为Nuisance Regression应该越早越好。

8. 采用按键1,你看一下Warped Mask里面有相应的Mask吗?你测试一下,是否是因为跳过Realign导致一些相应的文件没有生成。理论上跳过这一步应该不影响。按键1与按键2的结果应该有所不同。

祝一切顺利!

超赣

对于8的回答:

是我的问题,我采取的流程是Slice Timing->Realign-> Nuisance->NEW Segment(SPM12)->Normalize(SPM12)->FILTER……出现报错的原因是没有找到CSF和WM的模板。

进一步问问题:

9.因为我的处理步骤导致没有Native Space下的模板,所以我的调整步骤有2种选择:a) 将SPM aprioi模板和Realignment后的mean文件Reslice成Native Space,然后继续操作;b)将步骤改成Slice Timing->Realign->NEW Segment(SPM12)->Normalize(SPM12)->Nuisance(采用SPM apriori)->FILTER……,你推荐哪个步骤?为什么?

10.对于Nuisance removal步骤,如果我要采取自己做segment(非DPABI设定的步骤)生成模板,那么产生的CSF和WM模板文件我应该如何命名?文件夹如何命名?才能符合软件规范?

11.我发现Nuisance Removal后的文件是4D的,但是,我后期的处理是3D的,有没有最简单的操作步骤把4D变3D?还是我需要用dcm2nii转换?还是在matlab中通过gunzip命令转换?或者是在源程序里面修改参数都可?

12.兼容SPM12 new segment的DPABI什么时候发布?

谢谢哦!

9. a不行,因为不能简单地reslice,需要变换到原始空间。

10. CSF命名为c3*,WM命名为c2*.

11. REST->Utilities->.nii to nifti pairs (.hdr/img).

12. 预计7月10日发布。

超赣