basic edition DPARSF向advance edition转换使用的一些问题

严老师,您好!

我现在学着做fmri的数据处理。我有一批fmri的数据,有一下几个问题,希望您能该给予指导:
1、这批数据每个被试有80个时间点,TR为3秒,这样采样时间就4分,记得您在教程中回答过一个问题,一般采数据至少要5分钟才有实用性,您看我这批数据可用吗?
2、以前我用basic edition dparsf来处理数据,因为我的数据时飞利浦机器采的,头动较大,要进行头动的注意矫正,想到dparsf最新的2.3版本可以自动调节角度,就换用2.3的版本。想问一下,这个调整角度,涉及那几个按键?applymats是要选的吧?reorient fun也是需要的?还有哪些吗?
3、因为数据比较残缺,很多被试都没有TI的数据,我试运行过几次,关于T1的和segment的都没选,normalise选的用EPI模版,这样选择有涉及T1的数据吗?如果您能告诉我一种既能解决头动又不涉及T1数据的选择最好了。
4、DATEL是一种分割方法吗?它也涉及T1的数据吗?如果用EPI模版做normalise是不是segment就已经包含在内,不用单独做segment了?

Forums:

1. 如果只有4分钟,理论上应该也可以用。不过,在发表文章的时候,有可能reviewer会提一些问题。你可以看一下"Yan, C.G., Cheung, B., Kelly, C., Colcombe, S., Craddock, R.C., Di Martino, A., Li, Q., Zuo, X.N., Castellanos, F.X., Milham, M.P., 2013. A comprehensive assessment of regional variation in the impact of head micromovements on functional connectomics. Neuroimage 76, 183-201." Figure S15, 大概3分钟往上就可以获得相对稳定的数据了。不过,下次在设计实验的时候,尽量往长一点设计。

2. reorient Fun*, reorient T1*,是改善配准的,并不能改善头动情况。具体操作,请参考rfmri.org/Course中文版第三部分Release 130425。

3. 头动校正与T1数据没有任何关系。

4. DARTEL是一种配准方法。需要T1数据。你现在没有T1数据,只用EPI模板做配准,和这些都没有关系。

超赣

严老师:

是我用词不准确,我有仔细研究了一下教程,我要解决的问题就是想调整大脑的起始位置,因为有的比较歪。

我是这样设置参数的:

    然后matlab会出现这样的错误:

 

??? Error using ==> rest_Fix_Read_Write_Error at 64

Meet error while fixing read write error. Please restart MATLAB, and run

"rest_Fix_Read_Write_Error" before starting anything.

Error in ==> rest_WriteNiftiImage at 92

   rest_Fix_Read_Write_Error; %YAN Chao-Gan, 100426.

Error in ==> y_Reslice at 77

rest_WriteNiftiImage(OutVolume,OutHead,OutputFile);

Error in ==> DPARSFA_run at 2361

            y_Reslice(Filename,DPARSF_Normalized_TempImage,[1 1 1],0);

Error in ==> DPARSFA>pushbuttonRun_Callback at 1601

    [Error]=DPARSFA_run(handles.Cfg);

Error in ==> gui_mainfcn at 96

        feval(varargin{:});

Error in ==> DPARSFA at 33

    gui_mainfcn(gui_State, varargin{:});

??? Error while evaluating uicontrol Callback

然后我把applymats选上,出现这样的错误:

 

??? Error using ==> cd

Cannot CD to H:\data\Analysis\T1Img\sub101 (Name is nonexistent or not a directory).

Error in ==> DPARSFA_run at 315

    cd([AutoDataProcessParameter.DataProcessDir,filesep,'T1Img',filesep,AutoDataProcessParameter.SubjectID{1}]);

   Error in ==> DPARSFA>pushbuttonRun_Callback at 1601

    [Error]=DPARSFA_run(handles.Cfg);

Error in ==> gui_mainfcn at 96

        feval(varargin{:});

Error in ==> DPARSFA at 33

    gui_mainfcn(gui_State, varargin{:});

??? Error while evaluating uicontrol Callback

applymats的作用是能自动调节脑的起始位置吗?我有试过把DownloadedReorientMats中的T1文件去掉,还是会出这样的问题,您看我怎么能解决这两个问题?

十分谢谢~~

1. 应该是你的临时文件夹的问题--你的windows用户名可能比较奇怪。在matlab里面输入tempdir,回车看一下返回值是什么。

2. Applymats是针对网上下载数据使用的。你是自己的数据,不要选这项。如何调整,请参考我之前回复的第二条。