用dpabi处理被试灰质时smooth出现错误

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严教授:

       您好!我在用dpabi处理灰质时,出现smooth错误,但是并没有在报错时说明原因,这咋办,望指点,谢谢!

相关设置以及报错图片如下。

祝好!

崔志霞

严老师,您好

您提及的被试时间点数不对,是说我的被试编号不连续吗?是这样的,我的所有被试都是在smooth这一步报错的。因为我的实验组有21名被试,因为数据处理需要,我删除了4名被试,分别是2、4、11、16号被试。

我需要把被试的编号连续了,再跑一边数据试试吗?

 

祝好!

志霞

非常感谢回复!!!

我看了下,t1里面附带的文件(就是把文件从dcm格式转换成nii格式后,有一个可以打开的文本文件),相关设置信息如下:

Manufacturer: SIEMENS
Model name: Verio
Study id: 1
Series number: 18
Repetition time (ms): 1900
Echo time[0] (ms):
Echo time[1] (ms): 2.79
Inversion time (ms): 900
Flip angle: 9
Number of averages: 1
Slice thickness (mm): 1
Slice spacing (mm):
Image columns: 384
Image rows: 384
Number of frames:
Phase encoding direction: ROW
Voxel size x (mm): 0.677083
Voxel size y (mm): 0.677083
Number of volumes: 1
Number of slices: 176
Number of files: 176
Number of frames: 0
Slice duration (ms) : 386965
Orientation: sag

如果您说的是volume的数量,难道是那个number of volumes :1吗?

用itk-snap打开被试t1图像时,在metadata中信息如下:

ITK_FileNotes:t1_mpr_ns_sag_p2_iso
dim[0]:3
dim[1]:384
dim[2]:384
dim[3]:176
dim[4]:1
dim[5]:1
dim[6]:1
dim[7]:1
dim_info:6
slice_end:175
slice_start:0

不好意思,小白入门,不懂的实在的是太多,烦请告知是哪一个,谢谢了!

 

祝好!

志霞

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

看你的配置,应该是要做T1图像的分割,不需要勾选Smooth选项。

该选项是对fMRI图像进行smooth。

time points是BOLD图像的时间点个数。要打开BOLD.nii查看meta信息。对应ITK_FileNotes里的dim[4]。

顺带说一句,TR如果不知道的话,对应的是pixdim[4],但一般TR都是已知的。

非常感谢回复,谢谢!

(1)我确实要做T1图像的分割;用dti序列分析被试的灰质。可能我只有dti序列,把所有的文件找了个遍,并没有找到BOLD.nii文件,我又打听了一下,好像那是静息态序列产生的文件。不过,还是很感谢您这么详细的解释。对于TR,在转化后的文件中,有Repetition time (ms): 1900。

(2)把time points设置改成了0,然后就成功了,没有报错。我同门跟我讨论了一下,可能是time points 是针对4D文件的,而目前我上传的文件是3D的,所以设置为零,不知道这样理解对不对?

(3)请问,针对像我这种入门小白,不知道您推荐什么书我去读一下,毕竟有的时候,一是不懂得太多,不知道从哪里问起;二是害怕问的问题太简单,自己还真是不会。多谢了!

祝好!

志霞

time points 是针对4D图像。

我就不去读Code了,但是只要你能够顺利得到分割结果就行。

我也是跨领域重新学习,没系统读过什么书,主要是读code,读paper。

不过严老师的教学视频可以作为一个入门资料。

可以问问严老师有无其它推荐。

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