做REHO时遇到的几个问题

严老师：

您好！我在做REHO的时候碰到了几个问题，如下：

1、附件里是我做REHO时的相应设置，麻烦您看一下有没有需要改善的地方？

2、我任务态的数据是用spm8处理的，当时的bounding box用的默认的 -78 -112 -50，78 76 85，并在normalize那步下采样成了2*2*2的图像。因为我希望在做校正的时候静息态数据和任务态数据是用的同样的mask，所以我做REHO的时候将dparsfa里默认的bouding box改成了-78 -112 -50,78 76 85，voxel size也改成了2 2 2。由于我是配到T1模板的，所以将所有被试的T1相数据也放进来进行处理，但做完REHO发现，所有静息态的图像都是79*95*68, 2*2*2的，但分割完后的T1相却都是91*109*91, 2*2*2的，不知道这是什么原因？有办法让预处理完生成的T1图像直接就是79*95*68, 2*2*2的吗？

3、我希望用所有被试T1相分割完的灰质图像做一个基于所有被试的灰质mask，是将所有被试dparsfa处理完后T1ImgSegment文件夹里的wc1cot1mpragesagiso.nii放到一个文件夹下，再将这个文件夹放到放到REST中Image Calculator的Add Group Images里，并将Expression设为mean(g1)生成一个组平均的灰质图像，然后再将这个灰质图像放到Add Individual Image里，将Expression设为i1>0.2？

不知道我的理解及操作步骤对不对？

4、那如果我是想做一个 基于所有被试的全脑 mask，是按照第3个问题里的思路将所有被试wcot1mpragesagiso.nii放到一个文件夹下求一个组平均，再卡个i1>0.5吗？

我这样试了，生成的图像不是一个二值的，而是整个bounding box里都是1，我也不知道问题在哪儿？所以还请严老师告诉我正确的步骤呢。

5、在尝试第4个问题 里做全脑mask的时候 我还遇到了另外一个 问题。我发现我做完组平均后不是生成一个output*.nii的图像，还有一对group1_mean.hdr, group1_mean.img的图像，matlab里的表达式是output00001.img=i1:group1_mean.img。我将这个表达式理解为这两种图像是一样的，但在我将这两种图像都进行重采样后（由91*109*91, 2*2*2重采样成79*95*68, 2*2*2的），再将生成的图像进行重叠，发现不是完全重叠的。那在接下来的步骤里我是该用哪个来做呢？

6、dpabi里的dparsfa 3.1版本在生成 REHO和ALFF值的时候已经没有REHO-1、 Alff-1的选项，那我在做单样本T 检验的时候在base里 是该设1，还是0呢？

7、根据您的视频教程 及我自己数据的结果看，spm8默认的 bouding box 确实会 让小脑的一部分没 办法显示，在做 灰质或全脑mask时（将91*109*91, 2*2*2的mask重采样成79*95*68, 2*2*2的）生成的mask也是会有一部分小脑没法显示。我是想问，如果我关注的地方不在小脑，那显示不全对我数据的结果会有影响吗？

8、在教程里您提到Reorient Fun*和Reorient T1*会对那些明显偏离正确位置的脑子的数据处理结果有改善，那如果我是想配到T1模板是不是最好把这两个选项也选上？

一下子问了这么多 问题，还请 严老师能一一解答呢，谢谢严老师，愿您生活愉快，工作顺利。