关于preprocessing中realign的问题

Submitted by Xiao Wang on

尊敬的严教授:

您好,最近在用dpabi做preprocessing的时候,遇到了一些问题,希望寻求到您的解答和帮助。

matlab2016a,dpabi4.2.

 

数据resting,TR=2s,time point=185。按照图中将各项参数输入进去进行preprocessing,run。Slice timing完成之后,在realign部分出现了问题,显示time point number doesn’t match,所有的被试都出现了这个问题(虽然图中的被试数量多一些,但在真正run的时候,只放进去4个被试的数据)。

我挨个检查了所有被试的TR和time point,都没有问题,所有数据都是TR=2s,time point=185。

我浏览了forum,发现有位老师也遇到了此问题,他将time point换成了rp文件中的行数,就可以run了。我检查了运行得出的每个被试的rp文件行数,是370行,与time point不匹配。然而,当我尝试将time point修改为370时,它提示我图像的time point和填入的数字不匹配。

 

 

 

当我将TR和time point设置成NaN,重新run preprocessing时,在realign部分又出现了新的问题。我被告知,好像是该被试的图像数据不合格所导致的,但我重新换了其他被试的数据,也出现同样的错误。

我检查了被试的header文件,没有发现异常。

我浏览了forum,发现可能是被试头动过大导致的。但是,我检查了所有被试的头动参数(设置TR和time point之后run,是可以得出被试的头动参数的),只有2个被试的图像头动大于3mm,而这两个被试的图像并不是图中所报出的被试图像。所以,其实并不是因为头动过大而导致这样的问题。

 

 

 

至此,并没有成功运行realign,想问下严教授,这种情况是如何导致的,我应该如何完成preprocessing?

不知我有没有清楚的描述我遇到的问题,如果没有的话,我可以再详细地描述一下。

非常感谢严教授能在百忙之中解答我的问题,谢谢老师。

祝好。

OK。感谢严教授的解答。我将time point设置为0,可以run realign了。但是又出现了新的问题。想再问一下严教授,如下问题应该如何解决?感谢严教授。

 

如果选择Automask,就会在做mask这一步出现以下错误。

Extracting ROI signals...
Reading images from "E:\lizunjiang\dpabi-try\restAR\N033mozhicheng\rAx_BOLD_rsfMRI.nii" etc.
错误使用 y_ReadAll (line 103)
赋值具有的非单一 rhs 维度多于非单一下标数
 
出错 y_ExtractROISignal (line 56)
    [AllVolume,VoxelSize,theImgFileList, Header] =y_ReadAll(AllVolume);
 
出错 DPARSFA_run (line 2520)
        parfor i=1:AutoDataProcessParameter.SubjectNum
 
出错 DPARSFA>pushbuttonRun_Callback (line 1795)
    [Error]=DPARSFA_run(handles.Cfg);
 
出错 gui_mainfcn (line 95)
        feval(varargin{:});
 
出错 DPARSFA (line 30)
    gui_mainfcn(gui_State, varargin{:});
 
计算 UIControl Callback 时出错
 

 

 

如果不选择Automask,则会在T1segment完成之后,就会同时出现上面的错误和下面的警告。

Warp Masks (D:\software\dpabi\DPABI_V4.2_190919\Templates\WhiteMask_09_91x109x91.img) for "N034panaimin" to individual space using DARTEL flow field (in T1ImgNewSegment) genereated by DARTEL.
 
Warp Masks (D:\software\dpabi\DPABI_V4.2_190919\Templates\GreyMask_02_91x109x91.img) for "N034panaimin" to individual space using DARTEL flow field (in T1ImgNewSegment) genereated by DARTEL.
警告: QFORM0 representation has been rounded.
> In encode_qform0 (line 27)
  In nifti/subsasgn>fun (line 109)
  In nifti/subsasgn (line 20)
  In spm_get_space (line 43)
  In y_WarpBackByDARTEL (line 43)
  In parallel_function>make_general_channel/channel_general (line 929)
  In remoteParallelFunction (line 38)
警告: QFORM0 representation has been rounded.
> In encode_qform0 (line 27)
  In nifti/subsasgn>fun (line 109)
  In nifti/subsasgn (line 20)
  In spm_get_space (line 43)
  In y_WarpBackByDARTEL (line 43)
  In parallel_function>make_general_channel/channel_general (line 929)
  In remoteParallelFunction (line 38)
警告: QFORM0 representation has been rounded.
> In encode_qform0 (line 27)
  In nifti/subsasgn>fun (line 109)
  In nifti/subsasgn (line 20)
  In spm_get_space (line 43)
  In y_WarpBackByDARTEL (line 43)
  In parallel_function>make_general_channel/channel_general (line 929)
  In remoteParallelFunction (line 38)
警告: QFORM0 representation has been rounded.
> In encode_qform0 (line 27)
  In nifti/subsasgn>fun (line 109)
  In nifti/subsasgn (line 20)
  In spm_get_space (line 43)
  In y_WarpBackByDARTEL (line 43)
  In parallel_function>make_general_channel/channel_general (line 929)
  In remoteParallelFunction (line 38)
 

 

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