请教：如何得到MNI space 中的T1 MRI

Submitted by seuzjj on
 各位老师，同学好，
请教一下，用DPARSFA处理fMRI时我使用了T1项做coregistration，然后做normalization，但我没找到normalize 到 MNI space之后的T1 MRI. 
是不是说，用做完coregistration 之后的 T1 计算如何normalize fmri 到 MNI space后仅仅把参数用在fMRI上，并没有保存 MNI space中的的T1 ？ 有没什么方法可以得到它呢？
另外在PicturesForChkNormalization 中有些subject 有些灰质和颅骨都重合了，如下图横断面，这样的subject是不是就不可以用了？或者是不是哪里的参数设置不合适，如何改进它呢？
非常感谢！


 我对具体操作不是特别精通。（1）coregister之后的3D-T1，好像只是头信息修改了。（2）这个图的配准效果的确有问题。我建议你略调整一下3D-T1的角度，然后再跑一遍，甚至不用调整，再跑一遍试试。据我所知，配准过程有一定的不确定性，跑两遍的结果并不完全相同。

YAN Chao-Gan

Fri, 07/12/2013 - 21:25

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在T1ImgNewSegment下面找到对应的结构像，但是加了一个前缀w，即为在MNI空间的结构像。

同意臧老师的看法，这个被试最后再做一些处理。有没reorient Fun* 和 reorient T1*？

  非常感谢两位老师的解答， 我在T1ImgNewSegment下找到了MNI空间的结构项。
  我用了reorient Fun* 和 reorient T1*，重复了几次，配准效果一直不好，和上面贴图类似，是不是这样的就要排除了呢？
  另外老师可否帮我确定下，先后做了slice timing， realign 和covariate regression的功能项是类似于下图的结果，这样是正常的结果么？
  谢谢^_^

 我的回答只针对这个问题“我用了reorient Fun* 和 reorient T1*，重复了几次，配准效果一直不好，和上面贴图类似，是不是这样的就要排除了呢？”，其它问题我不太懂。

我觉得如果是病人数据，仍掉很可惜，可以考虑只用EPI配准，感觉比通过高清结构像成功机会大得多。当然，如果其它数据采用高清结构像，只有这一个被试采用EPI，可能会被质疑。

1. 核查哪一步出的问题。
1.1. 配准好的结构像效果如何？
1.2. 用两个MRIcroN分别打开T1ImgCoreg下的结构像，与Realigh parameters下的平均功能像，看coregistration的效果如何？我猜测是这一步的效果不好。我在想办法更好地解决一下这个问题，也许能在12月份发布一个新版本。
2. 正常。
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