臧老师，您好！
我一个fMRI研究收到了两个比较难以回答的审稿意见，想向您请教下：
1. 我同时记录了两组被试（假设为组A和B）、两个阶段（反应阶段 和 反馈阶段）的fMRI结果，分别对两组被试在两个阶段的大脑激活模式进行了分析。
在报告数据时，我使用了三种阈值：
针对反应阶段：组内比较使用的阈值是 FDR<0.01, K>50；组间比较是FDR<0.05, K>50；
针对反馈阶段：组内比较和组间比较的阈值都使用FDR<0.001，K>50.
最初我也想统一一个阈值，但发现反馈阶段的激活比反应阶段明显更强，因此两个阶段难以达成统一：若向下统一为FDR<0.01或FDR<0.05，反应阶段的结果清晰，但反馈阶段的激活非常粗糙，覆盖全脑许多区域、并且距离很远的区域（如striatum和medial prefrontal cortex）粘连在一个cluster里；若向上统一为FDR<0.01, K>50，反馈阶段的结果清晰，但反应阶段就没有激活了。
相似的，同样是反应阶段，在组间和组内比较中使用FDR<0.05和FDR<0.01两种阈值也是这个原因。
现在审稿专家要求我回答为什么如此选择阈值（The authors used a threshold of “false discovery rate (FDR) <0.01” and “FDR <0.05” during deceptive response stage, and “FDR <0.001” during judgment stage. How were the significance parameter chosen? ）。
我应该如何回答呢？阈值的选择有没有什么比较权威的标准呢？
2. 在文章中，我并未报告所有contrast的结果，因为有一个contrast与这篇文章的主题并不相关，并且可能牵扯完全无关的、大篇幅的讨论内容，这些contrast都足以形成另外一篇文章。
此时，审稿专家问我为什么不做这些contrast（Additionally, why did you not conduct “PP vs. PN” and “IP vs. IN” comparisons to evaluate the effect of feedback (positive or negative)?），这类问题我应该怎么回答呢？
感谢臧老师给予宝贵意见，谢谢！
我一个fMRI研究收到了两个比较难以回答的审稿意见，想向您请教下：
1. 我同时记录了两组被试（假设为组A和B）、两个阶段（反应阶段 和 反馈阶段）的fMRI结果，分别对两组被试在两个阶段的大脑激活模式进行了分析。
在报告数据时，我使用了三种阈值：
针对反应阶段：组内比较使用的阈值是 FDR<0.01, K>50；组间比较是FDR<0.05, K>50；
针对反馈阶段：组内比较和组间比较的阈值都使用FDR<0.001，K>50.
最初我也想统一一个阈值，但发现反馈阶段的激活比反应阶段明显更强，因此两个阶段难以达成统一：若向下统一为FDR<0.01或FDR<0.05，反应阶段的结果清晰，但反馈阶段的激活非常粗糙，覆盖全脑许多区域、并且距离很远的区域（如striatum和medial prefrontal cortex）粘连在一个cluster里；若向上统一为FDR<0.01, K>50，反馈阶段的结果清晰，但反应阶段就没有激活了。
相似的，同样是反应阶段，在组间和组内比较中使用FDR<0.05和FDR<0.01两种阈值也是这个原因。
现在审稿专家要求我回答为什么如此选择阈值（The authors used a threshold of “false discovery rate (FDR) <0.01” and “FDR <0.05” during deceptive response stage, and “FDR <0.001” during judgment stage. How were the significance parameter chosen? ）。
我应该如何回答呢？阈值的选择有没有什么比较权威的标准呢？
2. 在文章中，我并未报告所有contrast的结果，因为有一个contrast与这篇文章的主题并不相关，并且可能牵扯完全无关的、大篇幅的讨论内容，这些contrast都足以形成另外一篇文章。
此时，审稿专家问我为什么不做这些contrast（Additionally, why did you not conduct “PP vs. PN” and “IP vs. IN” comparisons to evaluate the effect of feedback (positive or negative)?），这类问题我应该怎么回答呢？
感谢臧老师给予宝贵意见，谢谢！
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Re: 请教臧老师一个审稿意见的回答
Re: 请教臧老师一个审稿意见的回答
根据您的意见，我思考了两天，又看了看数据。为了严谨起见，决定还是将阈值统一。现在有两个问题还希望向老师请教一下：
1. 我准备将所有（4个contrast）在voxel level的校正阈值统一为FDR<0.01，然后再在cluster level上进行FWE<0.05的校正，因为这样可以比较严格的控制好激活太强的contrast，这种双重校正的方法合理吗？
2. 使用voxel level FDR <0.01结合cluster level FWE<0.05的阈值后，对于那些激活比较强烈的contrast，仍然会出现脑区粘连的情况（一个cluster里面出现完全不同的、距离较远的脑区），当然我会在结果部分的table里详细报告这些脑区的激活情况。但是，在呈现激活图时，我是否可以将这些contrast的阈值提高，然后说明for view purpose？我见过很多研究为了 view purpose是将阈值降低的，不知道提高阈值这种做法合理吗？
3. 在随后定义功能ROI、导出beta值进行进一步分析时， 针对激活比较强的那一个contrast，我是否可以提高阈值，再提取functional ROI？因为如果不这样做，一个cluster包含多个不同脑区，这样无法考察每个脑区上的效应，提高阈值后，这些脑区各自独立成cluster了，这时针对每个脑区提beta值，就可以考察到每一个脑区对任务的参与情况。
感谢臧老师的回复。祝好！
Re: 请教臧老师一个审稿意见的回答
3、同样的阈值下选取保留的cluster进行ROI分析，显然是有问题的。但选取不同的阈值，同样可能面临质疑。也许可以考虑采用以peak点为重心的球形ROI。
Re: 请教臧老师一个审稿意见的回答
我再思考一下
Re: 请教臧老师一个审稿意见的回答
2. 可以按照统计阈值先做一个图，然后在另一个panel显示一个提高阈值后viewing purpose的图。不用担心结果太多，在这些结果里面重点解释提高阈值之后的脑区。
3. 同意在这种情况下用sphere。