REST-VMHC

Submitted by wleewell on
论坛老师好! 首先感谢REST新版的发布,新版加入VMHC后,我阅读了一些相关的文献,想做VMHC在疾病中的分析,但文献中有些步骤不太懂,望大家帮忙。 1. “The residual time series for each subject was registered to a symmetric MNI template and was used to compute the homotopic functional connectivity.” “To account for geometric differences between hemispheres, we refined the registration from individual anatomical to MNI152 template space using a group-specific symmetrical template. All 49 registered structural images were averaged to create a mean image, which was then averaged with its left-right mirror to generate a group-specific symmetrical template. Nonlinear registration to this symmetrical template was performed for each participant, and the resultant transformation was applied to each participant's preprocessed functional data.” 对于上述两段文献内容的问题: 上述文献中,因为大脑两侧结构的差异,在预处理FunImgARWSDFC后,又将功能像配准到一个symmetric MNI template,在此请问:这个模板怎么制作?上面第二段话提供了制作方法,即将所有受试标准化后的结构像平均,但下面这一步怎么实现?then averaged with its left-right mirror to generate a group-specific symmetrical template。 2. The analyses were masked by a gray matter segmentation of the symmetric MNI template (thresholded at 40%). 在配准到symmetric MNI template后,接着得出VMHC图,VMHC图限制在该模板的灰质部分,那么这个对模板的灰质分割怎么做,像通常处理结构像一样,简单跑一个VBM就可以吗? 3. 因为两侧对应voxel的z值是相同的,那么在对VMHC图做双样本t检验时,是不是应该以一侧为mask,而不是两侧全脑?如果用Gaussian Random Field theory校正不会涉及这个问题,但AlphaSim就有这个问题。 先谢谢了!

YAN Chao-Gan

Tue, 09/18/2012 - 17:19

1. 我的理解:T1NewSegment下获得wco图像,(配准到MNI空间的T1像),然后做一个组平均(REST Image Calculator)。以x==0为中线,左右对称voxel取均值。后续可以用SPM的T1 normalize来实现。当然MNI空间的图像本身对称性也还不错了。 2. 可以。但这一步个人认为必要性不是特别大。 3. 用一侧Mask重新跑AlphaSim。

wleewell

Wed, 09/19/2012 - 02:19

In reply to by YAN Chao-Gan

谢谢严老师! 还有一些不解: 1、以x==0为中线,左右对称voxel取均值。这一步怎么操作呢,REST Image Calculator能实现吗? 2、用T1像制作出symmetric MNI template后,要把功能像coregister到该模板,这一步利用SPM中的Coregister:Estimate功能,设置该模板为Reference image,功能像为Source image,这样正确吗?还是需要将T1像先配准到symmetric MNI template,得到相关参数,然后利用这些参数将功能像配准到该模板?DPARSFA可以实现吗? 3、您说MNI空间图像本身对称性不错,那么是否不另制模板也不是大问题?

YAN Chao-Gan

Wed, 09/19/2012 - 17:33

In reply to by wleewell

1,可以用 [Data Vox Head]=rest_readfile('XXX.nii'); Data =(Data + flipdim(Data,1))/2; rest_WriteNiftiImage(Data,Head,'XXX_Sym.nii'); 代码随手写的,没有测试过。你看一下效果怎么样。 2. 也可以用Normalize。 3. 我觉得可以,如果能够评估一下是最好了。

wisepig119

Wed, 12/19/2012 - 07:05

In reply to by YAN Chao-Gan

追问一下这个一侧的mask是怎么做出来的呢?还是根据REST自带的Brainmask做吗?

YAN Chao-Gan

Wed, 12/19/2012 - 19:15

In reply to by wisepig119

如果你用REST自带的Brainmask做统计,那么可以用它来计算定义一侧的MASK。

wisepig119

Thu, 12/20/2012 - 06:47

In reply to by YAN Chao-Gan

严老师,有两个问题
1.能再具体说说这个一侧的MASK是怎么来定义的吗?
2.REST计算VMHC时默认的MASK是什么MASK呢?

YAN Chao-Gan

Fri, 12/28/2012 - 22:09

In reply to by wisepig119

在REST中,如果选default mask,是基于SPM全脑template卡50%阈值定义的一个mask。

可以这样取一侧

[Data Voxe Head]=rest_readfile('XXMask.nii');
Data(1:31)=0;
rest_WriteNIfTIImage(Data,Head,'XXMask_Right.nii');

wisepig119

Mon, 01/14/2013 - 08:58

In reply to by YAN Chao-Gan

我用这个代码得到的XXMask_Right.nii文件用MRIcron打开跟XXMask.nii没什么区别啊?还是一个全脑的61*73*61,文件大小也一样,请严老师看一下是哪里出错了呢?

Chen0075

Fri, 03/22/2013 - 22:23

In reply to by YAN Chao-Gan

 严老师,这个code不能实现一半赋值0,能否再请查看一下。谢谢!

YAN Chao-Gan

Mon, 03/25/2013 - 20:06

In reply to by Chen0075

抱歉,写得太快了。汗。更正如下,请再检测。

[Data Voxe Head]=rest_readfile('XXMask.nii');
Data(1:31,:,:)=0;
rest_WriteNIfTIImage(Data,Head,'XXMask_Right.nii');
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