怎样用REST进行左右大脑配准？

Submitted by wisepig119 on

老师们好，最近我想对被试的功能像大脑数据做左右配准，之前请教臧老师和严老师后说是将一侧翻转后与另一侧求平均，但是复杂的图像处理我也不会，听老师说REST也可以处理，希望老师能再具体指点下，REST怎样做到左右大脑配准呢？

jigongjun

Thu, 12/13/2012 - 15:22

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 "功能像大脑数据做左右配准"
你这里是想说，把功能像配准到对称模版上吗？这里以VMHC分析为例说下。

在做VMHC分析之前的图像预处理中，有一步是要将被试功能像配准到一个对称的标准空间中，这里就需要一个对称的模版（template）。为此，我们可以
（1）把已经配准到MNI空间的EPI像（通常都是非对称的，因为通常都是往非对称的template上去配准的），在组上求个平均（across subjects），得到MeanEPI.nii。
（2）然后将此图左右翻转得到FilpedMeanEPI.nii。
（3）将这两幅图平均后就得到了一个对称的模版。
（4）再用SPM的normalize功能将每个个体的功能像与这个对称模版做配准。

已知MeanEPI.nii（假设它在X方向的维度是N），用它做出对称模版的程序如下：
path=‘MeanEPI.nii 所在位置的路径’  ；
[data voxel header]=rest_readfile([path,filesep,'MeanEPI.nii'])  ;
fdata(1:1:N,:,:)=data(N:-1:1,:,:)   ;    
adata=(data+fdata)/2       ;
rest_WriteNiftiImage(adata,header,[path,filesep,'symmteryEPI.nii'])    ;

PS     一组被试的平均功能像，可以通过rest-utility-image calculator来实现。


 谢谢，还有点问题希望指点下：
1.由于我只有功能数据，按我的理解是先用spm的EPI模板做一次normalize，再在所有被试上（病人和对照）求平均得到 MeanEPI.nii，再翻转得到 FilpedMeanEPI.nii，再两者求平均，最后重新再normalize一次，不知道对不对？
2.由于我不太了解基础知识，请教一下N的值怎么获得呢？

 "1.由于我只有功能数据，按我的理解是先用spm的EPI模板做一次normalize，再在所有被试上（病人和对照）求平均得到 MeanEPI.nii，再翻转得到FilpedMeanEPI.nii，再两者求平均，最后重新再normalize一次，不知道对不对？"

对的


“2.由于我不太了解基础知识，请教一下N的值怎么获得呢？”

用mricron把meanEPI.nii打开，其选项window---information---dimension中有
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