各位老师好,我有两个问题比较困惑,想请求解答。
(1)关于seed-ROI的确定,严老师的视频上说是通过中心坐标和半径来确定,大多数文献中也这样做,现在遇到一个问题是在rest软件中rest slice viewer打开AAL模板后输入基于文献中所提坐标发现并不和文献中的脑区所对应,比如shilin那篇PNAS中有关抑郁症的文献中提到所选种子点Precuneus的坐标为(±7, −60, 21),但在rest软件中rest slice viewer打开AAL模板后输入该坐标发现对应脑区并不是Precuneus,这是什么原因造成的呢?是因为shilin所用模板和rest软件所用分区模板不同造成的吗?那么在这种情况下,如果要做Voxel-Based 功能连接,用上述坐标作为中心坐标还合理吗?
(2)关于Cluster Size的确定,按照通行的做法,用Rest AlphaSim得到矫正所卡的预值,比如显著性水平0.01所对应的预值为18,在rest slice viewer 中cluster size中按照要求设置好参数后,点击cl.report, 观察得到的显著性团簇报表发现每个cluster的Nmuber of Voxels均大于等于18,符合预期,但是每个cluster对应的脑区有很多,不止Peak Coordinate 所对应的脑区,我的疑惑是这些脑区所对应的体素数会出现小于18的情况,那么这种情况下应该怎么选取脑区,是只选Peak Coordinate 所对应的脑区还是其它显著的脑区也要选取,在制作报表时,每个显著的脑区对应的体素数应以什么为标准,是每个cluster对应的Nmuber of Voxels还是cluster中脑区所对应的体素数。如下所示例子:
问题有点多,希望有老师解答一下,不胜感激.
(1)关于seed-ROI的确定,严老师的视频上说是通过中心坐标和半径来确定,大多数文献中也这样做,现在遇到一个问题是在rest软件中rest slice viewer打开AAL模板后输入基于文献中所提坐标发现并不和文献中的脑区所对应,比如shilin那篇PNAS中有关抑郁症的文献中提到所选种子点Precuneus的坐标为(±7, −60, 21),但在rest软件中rest slice viewer打开AAL模板后输入该坐标发现对应脑区并不是Precuneus,这是什么原因造成的呢?是因为shilin所用模板和rest软件所用分区模板不同造成的吗?那么在这种情况下,如果要做Voxel-Based 功能连接,用上述坐标作为中心坐标还合理吗?
(2)关于Cluster Size的确定,按照通行的做法,用Rest AlphaSim得到矫正所卡的预值,比如显著性水平0.01所对应的预值为18,在rest slice viewer 中cluster size中按照要求设置好参数后,点击cl.report, 观察得到的显著性团簇报表发现每个cluster的Nmuber of Voxels均大于等于18,符合预期,但是每个cluster对应的脑区有很多,不止Peak Coordinate 所对应的脑区,我的疑惑是这些脑区所对应的体素数会出现小于18的情况,那么这种情况下应该怎么选取脑区,是只选Peak Coordinate 所对应的脑区还是其它显著的脑区也要选取,在制作报表时,每个显著的脑区对应的体素数应以什么为标准,是每个cluster对应的Nmuber of Voxels还是cluster中脑区所对应的体素数。如下所示例子:
Cluster 4
Number of voxels: 23
Peak MNI coordinate: -51 12 9
Peak MNI coordinate region: // Left Cerebrum // Frontal Lobe // Precentral Gyrus // Gray Matter // brodmann area 44 // Frontal_Inf_Oper_L (aal)
Peak intensity: 3.1103
# voxels structure
23 --TOTAL # VOXELS--
23 Left Cerebrum
19 Frontal_Inf_Oper_L (aal)
15 Frontal Lobe
9 Inferior Frontal Gyrus
8 Frontal-Temporal Space
6 Precentral Gyrus
6 brodmann area 44
6 Gray Matter
4 Frontal_Inf_Tri_L (aal)
2 White Matter
1 Insula问题有点多,希望有老师解答一下,不胜感激.
Forums
Re: 坐标位置与cluster size
2. 一个功能cluster,通常会跨着多个脑区。问题在于,所谓皮层脑区的边界的确定,有很大的主观性。大家之所以这样用,是没更好的界定方法,总要有一个统一的名称。