A question about mask

Submitted by Chen0075 on
严老师，您好！ 想请教一下：我做correlation analysis 或者 two-sample t-tests 时限定了一个MASK（是我自己新生成的文件，不是REST软件里面的default mask)。然后，我用REST AlphaSim跑了校正用的数据。最后，我用Slice iewer 查看结果。我想知道的是：查看结果时，分别输入p value 和cluster size，那么这时候REST是否把这个多重比较校正的过程也自动限定在了MASK中？ 谢谢！

YAN Chao-Gan

Wed, 03/14/2012 - 15:26

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如果是这样的话，先用REST image calculator把你的mask往t图像上应用一下。i1.*(i2~0)这样的表达式。

Chen0075

Thu, 03/15/2012 - 01:21

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谢谢老师的回答！ 其实，我发现“似乎”用MASK限定的two-sample t-test，用REST SliceViewer打开t图后，其显示的结果“似乎”会自动限制在MASK内呢。 所以，我的做法是：做完REST AlphaSim，用REST SliceView打开T/R图，输入p值和cluester size，直接得到最后的结果！ 但是我不大肯定以上我观察到的现象和做法是否正确，能否给予一个直接的回答？ 谢谢！

Sorry, I missed that point "MASK限定的two-sample t-test". Then you do not need to apply that mask to the T images, cause they are already within that mask.

Chen0075

Thu, 03/15/2012 - 01:26

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另外，顺便问一下：我还观察到似乎自己生成的MASK如果范围越小（体素越少），在同一p值下所需要的cluster size越大（校正到同一p值）。这个规律正确吗？ 因为，我发现好像MASK小到一定程度后，在同一p值下所需要的cluster size反而越小了（校正到同一p值）。

YAN Chao-Gan

Thu, 03/15/2012 - 16:18

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For the same p value at each individual voxel and the same p value after correction: the bigger the mask, the bigger the cluster size needed.
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