关于用xjview生成结果表格的疑问

Submitted by stevenlee697 on
首先谢谢严老师不辞辛苦的回答我的提问。在用xjview生成结果表格时我遇到问题,请严老师指教。 我看文献上FC的表格内容多是脑区名称,brodmann分区,体素数目,坐标,T值,Z值(组内)等等。下面是我的一个CLUSTER,请您教我怎么从中得到上面各项数据。 Cluster 1 Number of voxels: 453 Peak MNI coordinate: -6 -48 0 Peak MNI coordinate region: // Left Cerebellum // Cerebellum Anterior Lobe // Culmen // undefined // undefined // Cerebelum_4_5_L (aal) Peak intensity: -4.4623 # voxels structure 453 --TOTAL # VOXELS-- 192 Limbic Lobe 167 Posterior Cingulate 147 White Matter 144 Left Cerebrum 132 Right Cerebrum 110 Calcarine_L (aal) 105 Cerebellum Anterior Lobe 101 Culmen 100 Gray Matter 76 Right Cerebellum 71 Calcarine_R (aal) 45 Cerebelum_4_5_R (aal) 44 Vermis_4_5 (aal) 43 brodmann area 30 38 Occipital Lobe 35 Inter-Hemispheric 29 Cerebelum_4_5_L (aal) 29 Left Cerebellum 28 Extra-Nuclear 28 Sub-lobar 27 Precuneus 27 brodmann area 29 25 Precuneus_L (aal) 24 Precuneus_R (aal) 23 Sub-Gyral 21 Parahippocampa Gyrus 20 Temporal Lobe 19 Lingual_L (aal) 16 Right Brainstem 14 brodmann area 23 12 Cerebelum_3_R (aal) 12 Lingual_R (aal) 9 Pons 8 brodmann area 31 7 Midbrain 6 Vermis_3 (aal) 6 Cuneus 5 Fusiform_R (aal) 5 Fusiform Gyrus 4 Parietal Lobe 4 Lingual Gyrus 4 ParaHippocampal_R (aal) 4 Corpus Callosum 3 brodmann area 35 1 brodmann area 18 1 brodmann area 19 1 brodmann area 20 具体问题:① 您说峰值区要选,那排第一的“192 Limbic Lobe”是不是就是峰值脑区,如果是,那坐标就是“Peak MNI coordinate: -6 -48 0”,T值就是“Peak intensity: -4.4623”对吗?脑区名称有了,体素数目有了,坐标有了,T值有了,但brodmann分区,Z值(组内)怎么得到??;② 您说体素大的也要选,那这几个“167 Posterior Cingulate 147 White Matter 144 Left Cerebrum 132 Right Cerebrum”都选呢还是只选一个,有没有什么标准?如果选至“144 Left Cerebrum”那它的脑区名称叫“左脑”?? 体素数目“144”,但brodmann分区,坐标,T值,Z值(组内)怎么得到? 请严老师教我,多谢。

YAN Chao-Gan

Fri, 12/16/2011 - 21:59

1. 192 Limbic Lobe 只是指有192个体素位于Limbic Lobe,峰值点不一定在内。 峰值点要看Peak MNI coordinate region: // Left Cerebellum // Cerebellum Anterior Lobe // Culmen // undefined // undefined // Cerebelum_4_5_L (aal) 这里面Cerebellum Anterior Lobe更细一些。可以报告。 其他如你所述。 Z值?不知道你指的什么。 2. 你的团块真是太大。Posterior Cingulate应该报。White Matter,Left Cerebrum, Right Cerebrum都太大太泛,应该往下报告指向明确的区域。看起来你的这个团块大部分不在BA分区里面,可能是太多白质了。最多的BA30也只有43个体素。 坐标,T值,Z值(组内)怎么得到?--见你的第一问。

stevenlee697

Sun, 12/18/2011 - 10:57

In reply to by YAN Chao-Gan

1、对不起,我没有说请楚。我做的是FC,看有文献报告显著脑区的“组内Z值”,可能就是FISHER-Z变化后的Z值吧,他是怎么得到的呢? 2、那“Cerebellum Anterior Lobe,Posterior Cingulate”脑区的坐标是不是都是“Peak MNI coordinate: -6 -48 0”呢?如果不是,那上面两脑区的坐标用不用分别报告?谢谢。

1. 报Z还是T都可。Z没有自由度,便于不同研究之间比较,好像比较好些。Z可以做fisher Z变换得到。 2. “脑区的坐标”没有这种说法,脑区很大,跨越很多坐标。这个cluster不管跨越了几个脑区,都是在-6 -48 0达到peak点的。 建议查看最大,次大,第三大peak点。

这个Z值不能由Fisher's r-to-z 这个Z变化获得。 http://restfmri.net/forum/Programs_YAN 1. Program for converting T/F/R statistical image to Z statistical image. y_TFRtoZ.m 可能对你有用。 但一般来说,报告T值完全是可以的。
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