关于ReHo 的问题 | The R-fMRI Network

Submitted by yanzhou on Wed, 03/16/2011 - 14:01

老师您好, 我已经比较了病例组和对照组的ReHo双样本T检验,然后想进一步做ReHo值和临床指标之间的相关分析,是不是在T检查的结果上选择每个有差异的地方进行分析呢? 还是计算全脑的ReHo 值和评分之间的关系?具体该怎么操作?请指教，谢谢!

Re：

都可以。第一种情况：如果你选择T检验有差异的脑区的ReHo值和临床指标做相关，得出的是有差异的脑区和临床指标的相关系数图。具体操作以病例组为例，首先用T检验的结果为Mask（rest sliceviewer->save clusters可以做）与病例组每个病人的ReHo的结果相乘（rest Image calculator可以做），得出每个病人在T检验结果上的ReHo图；然后，将上一步的结果每个病人在T检验结果上的ReHo图和病人对应的临床指标做相关(rest correlation analysis)可以做。最后，得到的是病例组上的一幅相关系数图，图上每个voxel的值代表病例组的每个T检验显著的voxel的ReHo值和临床指标的相关系数。第二种情况：计算全脑的ReHo 值和评分之间的关系，我觉得用全脑不如用T检验结果做Mask好，不过操作是一样的。具体操作以病例组为例，首先提出全脑或者是T检验结果的Mask的平均ReHo值(Extract ROI series可以做)，得到病例组中每个病人的对应的一个平均ReHo值；每个病人有一个平均的ReHo值，也有一个临床指标，可以用SPSS或Excel计算两列的相关系数即可。

多谢老师，我试试看

报错

我尝试了下，选择T检验有差异的脑区的ReHo值和临床指标做相关，发现了问题请老师帮忙解答 1。首先用T检验的结果为Mask，与病例组每个病人的ReHo的结果相乘rest Image calculator 算式是g1*i1 ，得出每个病人在T检验结果上的ReHo图；然后，将上一步的结果每个病人在T检验结果上的ReHo图和病人对应的临床指标做相关(rest correlation analysis ，Add Group Images 选前面做出来的结果，Add Text Covariates里选个人对应的临床评分的那个.txt文件，结果报错如下，该怎么解决呢？ Read 3D EPI functional images: "E:\reho-clinical\G1I1result"... Image Files in the Group: output00001.img output00002.img output00003.img output00004.img output00005.img output00006.img output00007.img output00008.img output00009.img output00010.img output00011.img output00012.img output00013.img output00014.img Correlation Calculating... ..........??? Attempted to access r(1,2); index out of bounds because numel(r)=1. Error in ==> rest_corr_Image at 84 rCorr(i,j,k)=r(1,2); Error in ==> rest_corr_gui>btnCompute_Callback at 143 rest_corr_Image(DependentDirs,SeedSeries,OutputName,... Error in ==> gui_mainfcn at 75 feval(varargin{:}); Error in ==> rest_corr_gui at 28 gui_mainfcn(gui_State, varargin{:}); ??? Error while evaluating uicontrol Callback. 问2.最后得到的是病例组上的一幅相关系数图，图上每个voxel的值代表病例组的每个T检验显著的voxel的ReHo值和临床指标的相关系数。这个结果该怎么看啊，对照组应该是不用做的咯，如何评价结果呢？多谢指点

Re：

1.rest correlation analysis ，Add Group Images 选前面做出来的结果，Add Seed variate里选个人对应的临床评分的那个.txt文件，而不是Add Text Covariates。 2.相关系数（R值）对应的相关显著性程度（P值），P<0.05就可以说相关显著了。

老师，你好！我也遇到了类似的问题，我做完相关后得到了两个文

老师，你好！我也遇到了类似的问题，我做完相关后得到了两个文件，分别为R IMAG 和R HDR文件，那我用rest里的Slice viewer看结果，那用Slice viewer看结果的时候，选P=0.05，那Cluster size选多大呢？也是选54吗？

Re:

你好，Cluster size的选择是根据AlphaSim的结果来定，参考http://afni.nih.gov/afni/docpdf/AlphaSim.pdf 。如果你关注的是全脑，可以参考Sliceviewer提供的Cluster size的表格，在Misc -> Correction thresholds by AlphaSim下面。这里，具体参照你的rmm, 平滑核，每个voxel的p值来选择Cluster size的大小。比如rmm=4，平滑核是4，每个voxel的p值是0.05的时候，校正到0.05的Cluster size是54个voxel。