关于千人脑功能连接项目数据的描述(含义)的问题

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Preprocessing applied to the data included in the “1000 Functional Connectomes Project” release.
1. All datasets were oriented to RPI.
2. Anatomical data
    mprage_anonymized.nii.gz: defaced using defacer from BRIN 
                            http://www.birncommunity.org/toolscatalog/defacer-for-structural-mri/
    mprage_skullstripped.nii.gz: non-defaced, skullstripped using 3DSkullStrip from AFNI
3. Functional data
    rest.nii.gz: The first 5 timepoints of each timeseries were discarded.
========================================
根据这里的介绍,从http://www.nitrc.org/frs/?group_id=296下载了臧老师的数据,但是打开后发现有
func\rest.nii.gz
anat\mprage_anonymized.nii.gz; mprage_skullstripped.nii.gz
但是不知道数据的意思,从网上找到以上的解释(nitrc.org进行数据共享开了了好头,但是文档说明还是太模糊了),但是还是不太清楚,能不能解释下,谢谢了!

还有这样的数据和你们DPARSF课程中给出的数据ProcessingDemoData.zip不一样,如果是这样如何将这样的数据放在
DPARSF中进行处理?   在SPM8中又该操作进行分析?


restbrain

Tue, 08/17/2010 - 12:21

 您好:
我把你的问题和我的回复列在下面,希望对你使用这些数据有所帮助,如下:

Preprocessing applied to the data included in the “1000 Functional Connectomes Project” release.
1. All datasets were oriented to RPI.
回复:所有数据(功能数据和结构像数据)的数据存储坐标系都一致地和FSL(一个影像数据处理工具包)地默认方向RPI一致。这样做的考虑:1)各中心的原始数据的存储格式和信息都不一致;2)方便我们的程序脚本(整合了AFNI和FSL)处理。说明:这不影响使用其他工具包的使用,比如SPM。
2. Anatomical data
    mprage_anonymized.nii.gz: defaced using defacer from BRIN 
                            http://www.birncommunity.org/toolscatalog/defacer-for-structural-mri/
    mprage_skullstripped.nii.gz: non-defaced, skullstripped using 3DSkullStrip from AFNI
回复:这是两个结构像数据: mprage_anonymized.nii.gz是去掉脸部信息的带颅壳的结构像,因为脸部信息属于个人隐私信息(比如:姓名),为保护被试这部分信息,使用了特定的程序处理脸部信息; mprage_skullstripped.nii.gz这个是脑(去头皮)结构像。
3. Functional data
    rest.nii.gz: The first 5 timepoints of each timeseries were discarded.
回复:这个是静息态功能像,每个功能像的前5个时间点被去掉了,比如,中国北京的这个数据,原始有230个时间点,去除以后是225个时间点。
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根据这里的介绍,从http://www.nitrc.org/frs/?group_id=296下载了臧老师的数据,但是打开后发现有
func\rest.nii.gz
anat\mprage_anonymized.nii.gz; mprage_skullstripped.nii.gz
但是不知道数据的意思,从网上找到以上的解释(nitrc.org进行数据共享开了了好头,但是文档说明还是太模糊了),但是还是不太清楚,能不能解释下,谢谢了!
回复:希望上述的解释能够帮你理解数据含义,如果还有不清楚的地方,欢迎一起讨论。
还有这样的数据和你们DPARSF课程中给出的数据ProcessingDemoData.zip不一样,如果是这样如何将这样的数据放在
DPARSF中进行处理?   在SPM8中又该操作进行分析?
回复:唯一的问题可能是需要一些数据转换:不太确定是否SPM8能否接受压缩格式的NIFTI数据(即nii.gz格式),如果可以,应该不影响处理;如果不可以,首先要把数据转换成非压缩的NIFTI格式。超赣:你能否进一步的确认这个事情?谢谢!

Hi!
你之前描述的数据集,是NYU、BNU还有非常多的机构合作共享的一套大数据集,主要是由NYU整理的。
ProcessingDemoData.zip中的数据只有几个演示用的数据,是我整理的,可以直接进入DPARSF处理。
SPM8和DPARSF都不能处理.nii.gz。你需要先进行以下步骤。
1. 解压缩。用WINRAR等软件就可以直接解压缩。
2. 如果要用DPARSF,将.nii转换为.img/.hdr。可以使用REST->Utilities->NIfTI nii to NIfTI pairs进行批处理。
非常抱歉的是,目前这个功能有个小bug,下一版本会解决。目前请你点击此处下载文件,并覆盖一下你REST安装目录下的相应文件即可。

Fmri-networks

Wed, 08/25/2010 - 01:33

In reply to by YAN Chao-Gan

十分感谢,还惦记着我的这个问题,并给予了充分的回答!
发布的时候压缩成.nii.gz,可能是为了减少文件大小,不过还好每个中心的被试数目不是太多,可以在windows系统下一个一个解压,还能够勉强忍受。
这几天我也在捣鼓这方面,才有点头绪,严博的回复很有帮助,再次表示感谢,后面遇到问题再次求教。
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