如何进行临床指标与 ROI 的 ALFF time course 之间的相关性分析?

Submitted by lynnrain on
通过患者组和正常受试者组的双样本 T 检验,找到了一些患者 ALFF 出现明显异常的区域。现在我想做这个明显异常区域中的 ALFF time course 与临床指标之间的相关性分析,我的做法如下:
  • 利用 add recursively all subfolders 加入了每一名患者的 detrended_filtered 静息态图像
  • 使用 user defined mask file 添加进一个我利用 rest slice viewer 保存的 ROI 图像。
输出的文件是每个被试一个 mat 文件,里面有 200 个 time course 文件(应该是对应的 200 个时间点的图像)。

我的问题:
  1. 我的临床指标是每个患者一个数值,而现在提取的 time course 是每个患者 200 个数值,如何进行相互之间的相关性统计分析?将数值输入 SPSS 似乎是不行的,因为需要一个患者一个临床指标数值,对应一个代表脑区活动性的数值才对啊?
  2. 对于我的十几个 ROI,能否在 DPARSF 里面一并提取出 ROI 的数值呢? 由于数据已经经过 DPARSF 的处理,应该如何调整文件夹内容、或者设置 DPARSF 来直接实现批量提取 ROI time courses 的功能呢?

问题 2 已经解决,我将 DPARSF 的 time points 一栏改为 200(原始数据有 210 个时间点),再去掉了 extract ROI time courses 之前的所有勾选,顺利的用 DPARSF 完成了图像的批处理。
但是,我注意到提取 time courses 的时候,DPARSF调用的是去除了协变量的图像文件(COV removed),那么是不是这个提取出来的 time courses 主要是用来作功能连接,而非与临床指标的相关性的呢?
问题 1 还请各位多指教。 

Hi!
         你不需要提detrend filter里面的文件。
          你需要把一组ALFF结果图整理好,放在一个文件夹下,然后用把疾病得分定义为Seed time course的方式来做相关。这样会得到一个相关脑。
          当然,你也可以把你感兴趣区ROI里面的所有ALFF值做为一个Course提取出来,用REST->Utilities->Extract ROI Time Couses来提取。然后用SPSS来做更进一步的统计和图表。
  

yanzhou

Sun, 05/30/2010 - 12:30

In reply to by YAN Chao-Gan

  

    还有一个问题,这里说的ALFF的结果是mALFF图还是mALFF-1的图呢

在REST时面提取时间序列。
另外,新版的REST在Statistical Analysis里面新增了Correlation Analysis模块,更易用一些,输出带自由度的统计图。
用mALFF图。

yanzhou

Mon, 05/31/2010 - 08:05

In reply to by YAN Chao-Gan

     严老师:

        我安装了最新的REST,点开statistical Analysis---REST Correlation Analysis,在Add group images 里选中存放mALFF 结果的目录,临床评分的txt文档应选在Add other covariates 里面吗?Mask file选deparsf 里那个brain mask,不知道这样选对不对?我没有提取ROI ,就做全脑相关。

YAN Chao-Gan

Mon, 05/31/2010 - 08:37

In reply to by yanzhou

请去http://www.restfmri.net/forum/Course下载中文版第二部分仔细听一下。
临床评分的txt文档应选在Add Seed Series里面。
如果没有Covariate或者不理解什么是Covariate,右侧两个covariate框不要理它,留空就行。
Mask可以选brain mask。


echoqiu77

Sat, 01/26/2013 - 02:30

In reply to by YAN Chao-Gan

 你好 你的回答很清晰 可是我对这两个方式都有不了解的地方:
1.“把疾病得分定义为Seed time course的方式来做相关。”这种方式是如何做,可否详细指点一下。
2. “用REST->Utilities->Extract ROI Time Couses来提取。 ”打开REST后还是不知道具体如何做 比如打开Extract ROI Series以后那个Data Directory里面是选什么? Define ROI点进去以后,再点Add ROI吗? 然后最简单的是不是就选第一个Spherical ROI? 那个框框里是输入什么呢?Time  courses那个框需不需要填呢?
 
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