请问老师们,alff的值能被量化么?

Submitted by WKY880770 on
请问老师:
              alff的值能被量化么?比如用AAL模板把脑分90区,然后得到每个脑区的平均alff值? rest软件能做到这一点么?谢谢,祝工作顺利!

Qing Zhao

Mon, 07/23/2012 - 19:20

First, it is hard to understand what "quantization" you used here exactly means.

if you want to extract the mean value of ALFF in a area
put all subject's ALFF map in same directry
then use REST's "extract time series" and define ROIs
the software will deal every subject's ALFF map as a time point, and extract a "time series" from the chosen ROI



yuanbinke

Fri, 08/24/2012 - 03:00

Hi:
I think the paper 'The oscillating brain: Complex and reliable, zuo et al., Neuroimage, 2010' would be helpful for you.
best wishes!
Binke

WKY880770

Fri, 08/31/2012 - 02:18

谢谢老师们的回复,还有一个问题想问问: 因为我做出的结果ALFF在某个脑区是increased的,而有几篇文章跟我研究的是同样的样本,他们都说同样的那个脑区的体积是减少的,也就是说我的结果是否会跟他们矛盾? 所以我想问问ALFF的增高或减低跟体积有相关性么?有没有这方面的文章呢?谢谢了!

以前的研究发现体积减小、而你的研究发现ALFF增高,比较这两个结果,首先要看坐标有多大距离,否则很难说是“同一个部位”,由于文献中对脑区的命名比较宏观,比较坐标的距离比较可靠。VBM即可以得到volume,也可以得到gray matter concentration,这两指标与ALFF的关系,是一个非常有意思的问题。北大的邹启红博士曾经有类似的工作,但采用的不是普通的T1 3D结构像。她的文章是否已经发表,我也不是很清楚。我认为你可以在正常大样本数据上试试你的想法。

WKY880770

Tue, 09/11/2012 - 04:09

谢谢臧老师及各位老师耐心周全的解答!
         
          我按照建议,使用REST自带工具Extract ROI Signals ,然后把健康被试的mALFFMap放在一个Directory里,Define ROI我放入AAL的PCC即后扣带回这个ROI(通过61*73*61的AAL template,由rest slice viewer 获取),之后点RUN,得到4个文件,里面的xxx_ROISignals.mat或.txt文件里的数值是否就是我所需要的每个被试者mALFF的平均时间序列值?我是否就可以用这些值跟临床量表做相关或做条图之类的?  如果是的话,有一点让我感到困惑的是,我的这些值怎么这么高啊,都是二点几,三点几这样,有的甚至是四点多,而我看了那篇HBM的AD和ICA比的文章(Spatial Patterns of Intrinsic Brain Activity in Mild Cognitive Impairment and Alzheimer’s Disease: A Resting-State Functional MRI Study),里面也提到用同样的PCC做ROI,里面的值却是一点几的(图见下),同样是用control subjects 我是不是哪部出问题了?
我的control subjects 提取的值如下:  
  2.5838648363621566e+000 
  2.8962647136110458e+000 
  4.4394378696915009e+000 
  3.7967291713631064e+000 
  2.8284111466721025e+000 
  3.0999512211249693e+000 
  2.7883282064521402e+000 
  3.5835620495524720e+000 
  3.2027002821003432e+000 
  3.2322440617275934e+000 
  3.5379061659757238e+000 
  3.8014313504643682e+000 
  3.1003831886026982e+000 
  2.8305792604049627e+000 
  3.2566644649436003e+000 
  2.4568942371946183e+000 
  2.6495634952600855e+000 
  2.9505335614629034e+000 
  2.2783845375924217e+000 
  2.6243421396199804e+000 
  2.6377578817144798e+000 
  2.9595489641175652e+000
HBM文章里面的截图:

 "里面的xxx_ROISignals.mat或.txt文件里的数值是否就是我所需要的每个被试者mALFF的平均时间序列值?我是否就可以用这些值跟临床量表做相关或做条图之类的?"
--是的。

你的PCC的ALFF是全脑均值的两倍到三倍多。你用的什么MASK?有可能因为那篇文章限定在灰质MASK。

WKY880770

Wed, 09/12/2012 - 17:00

In reply to by YAN Chao-Gan

我的MASK?您是否指的就是我的PCC?我的PCC ROI是按照您讲的视频里AAL模板提取的,跟HBM的那篇文章好像是一样的,(如果您是指我的全脑MASK,我是用dparsf默认05 61*73*61MASK),
我发现似乎我用MALFF做出来的值都是2点几,3点几的,我看了一些文献,他们的值主要是通过条图或者是相关图呈现,有的是0.5-2.5左右,比如臧老师的那篇ADHD里的那幅“标准差图",,有的是0.5-2.0左右,有的甚至是0.5-0.7的,这是否可能跟ROI包不包括白质有关?(因为白质的MALFF值偏小把均值拉下来了?),可我做了好几个不同部位的ROI,做出来的值都是偏大的,当然我的几个ROI都是灰质偏多,比如脑内的核团,BA46区,PCC,ACC之类的。但是这个值也太大了点了吧,所以我想问一下一般正常的话MALFF的值的范围应该是多少呢?谢谢!

指的是全脑MASK。即你计算mALFF(除全脑均值)时用来计算“全脑”均值的MASK。
在那篇HBM文章里面只关心的灰质区域,因此除均值的MASK是限定在灰质上的。
如果采用05 default mask,由于包含了白质和CSF,因此均值要小很多,所以你会看见PCC是两三倍于均值。

WKY880770

Mon, 09/17/2012 - 17:57

老师们,又来烦你们了呵呵,我用REST 做two-Sample T test的时候,把年龄,性别做了协变量回归掉了,那请问我用这个two-Sample T test得出的Peak intensity还是t值吗?还是说我应该在文章里报表格的时候写成F值? 还有,请问我在写文章的Statistical analyses这部分的时候怎么描述呢?我是要写成:ANCOVA analyses was performed on......,with age and gender as covariates of no interest . 还是Voxel-based two-sample t test was performed .....,with age and gender as covariates of no interest .呢,谢谢!呵呵
Forums