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How do you use concatenated EPIs in REST toolbox? My EPI images have been reconstructed and imported from AFNI, where I get a single file for my 164 time points. Rest doesnt seem to recognize this concatenation and tells me that the number of time points reflected from the files are 0. Is there a workaround?

管理员好，最近我看文章想到了一个问题。 我看文章中做功能连接的时候都要回归掉白质信号和脑脊液信号。但是做reho等其他指标的时候从没有考虑过白质和脑脊液信号。这是为什么呢？难道白质和脑脊液信号只影响功能连接吗？ 还有文章中一般说为了去除呼吸、心跳的影响而去除白质脑脊液信号，试问呼吸心跳和白质脑脊液什么关系？如下文章，还有facial soft tissues这个是什么？谢谢 To correct for BOLD signal attributable to physiological noise such as heart rate and respiration, we used a regression algorithm using

严老师： 您好！想请教您关于Function Connectivity的问题，我是通过rest来做的，也看了您的course，但是关于slice view的使用有些问题。 （1）我选择了“rest”-“Function Connectivity”-"ROI wise"-“Add ROI”，我想选择通过AAL模板来定义ROI，根据已有的先验知识选择若干aal的脑区作为感兴趣区来做。点击“next”后，进入slice view的界面，我也看了您关于讲解slice view的讲解，可是还是不太清楚 怎样就算选择好了ROI. 我是通过将我要定义的aal的一些脑区的mni坐标输入到里面，之后我选择cluster size按视频里的讲解输入那些参数，然后选择save cluster保存好。

各位论坛版主 你们好！ 请教你们一个图像空间变换的问题，我现在有一批数据，这批数据都是Talairach空间下的，而我现在想把AAL模板用到这组数据上，所以要对这批数据做一个空间变换，把它们由Talairach空间变到MNI空间。我查了很多坐标变换的软件，都只能对你输入的坐标做一个变换，而我现在要变换是整个图像数据，请教下你们用什么软件可以实现？REST可以做吗？打扰你们了，非常感谢！！

老师： 在用dparsf做处理时总是报如下错误： Moving Normalized Files:sub001 OK??? Error using ==> copyfile No matching files were found. Error in ==> DPARSF_run at 551 copyfile('*.ps',['..',filesep,'RealignParameter',filesep]); Error in ==> DPARSF>pushbuttonRun_Callback at 935 [Error]=DPARSF_run(handles.Cfg); Error in ==> gui_mainfcn at 96 feval(varargin{:});

When i try to load a predefined ROI for seed based connectivity analysis, i get the following error: ??? Error using ==> rest_misc>ViewROI at 304 REST doesn't support the selected ROI definition now, Please check: /mnt/vpgroup/Greicius_ROI/dorsal_DMN/04/4.nii Error in ==> rest_misc at 196 ViewROI(AROIDef); Error in ==> rest_SetROI at 166 rest_misc( 'ViewROI',

I am doing a seed region analysis for the entire n-back acquisition in two groups of subjects. I intend to finally compare the groups for differences. 1. Each subject had 2 sessions of n-back runs. I am able to get the seed region based FC maps and Z maps for each session separately. But how can I get a single contrast file from the 2 sessions for each subject?

管理员好！ 最近我们尝试用rest的correlation analysis做量表与reho全脑的相关分析，想看下哪个脑区和量表相关比较显著。然后因为spm中的multiple regression也可以做全脑与量表算相关，又用spm算了下。 我们算的时候将年龄、性别等作为了协变量。 1、可是当我们做完发现，rest的结果和spm的结果基本上不一致，区域差别很明显。就是说基本上没有重叠的脑区，而且存在某个重叠的脑区在rest里是正相关、spm中是负相关。我们研究了好久，还是没有找出原因。只知道rest是用partialcorr做的去协变量。spm是用regress去的协变量。其实partialcorr里面也是用到了回归。我们就是想问下，为什么两个软件做的都是同一件事情可是得到的结果为什么差异这么明显呢？那么哪个结果做出来的比较真实客观呢？

不好意思，网速终于快一点了，我还是在这里提问下吧。谢谢管理员的解答。 今天研究了下alphasim，发现有些地方不是太懂。以下是我用全脑mask跑的alphasim。 Mask filename = BrainMask_05_61x73x61 Voxels in mask = 70831 Gaussian filter width (FWHM, in mm) = 8.000 Cluster connection radius: rmm = 5.00 Individual voxel threshold probability = 0.001 Number of Monte Carlo simulations = 1000 Output filename = AlphaSimtext0.0018

Brain. 2011 Oct;134(Pt 10):2912-28. Altered functional-structural coupling of large-scale brain networks in idiopathic generalized epilepsy. Zhang Z, Liao W, Chen H, Mantini D, Ding JR, Xu Q, Wang Z, Yuan C, Chen G, Jiao Q, Lu G. Source