DAPBISurf 使用问题请教

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各位老师好,

        最近正在学习DPABISurf的使用,也研究了fmriprep。相比于官方的fmriprep,DPABISurf提供了更好的交互界面(用户体验),以及后续的一系列处理,如regress out nuisance, smoothing,filtering ..., 十分方便,感谢DPABI团队提供如此优秀的工具包。在使用的过程中我也遇到了一些问题,希望各位老师指教。

       1) 关于fmriprep提供的volume空间分辨率只有1m, 2m 和 native, 如果想要配准到3m*3m*3m标准空间怎么办?(数据的原始分辨率比较大,2m会增加计算负担,且可能信息冗余)。如果可以直接resample的话,我应该先配准到哪个分辨率(1m,2m 或者 native)?如果我的处理步骤是FunVoluWCSF的话,我应该把resample放在哪步之后比较好?

      2)DPABISurf 的Volume默认标准空间应该是MNI152NLin2009cAsym, 现在的大多脑模板可能是FSL选择MNI152NLin6Asym,两者有一点差别。后者的Atlas或者ROI可以直接用在前者空间的数据上么?还是要做什么处理?

      3)  DPABISurf regress out 的 mean CSF signals, WM signals and Global signals 似乎还是用SPM模板计算出来的?我注意到fmriprep生成的confounds文件中是有这些nuisances的,是否我应该用那些而不是SPM的?除此以外,regress out 中CSF,WM 信号的计算下除了mean还有segment,segment是指通过fmriprep分割出个体空间的WM和CSF部分然后计算其中的平均信号么?
 
      4)关于Surface的平滑是基于freesurfer的么?我没能找到freesufer提供的关于平滑的函数。 
 
      5) 如果我想计算一下surface空间各vertex间的距离,生成一个vertex×vertex的距离矩阵的话,各位老师有什么方法或者函数推荐的么?因为相邻vertex间的距离好像不是一个定值,而且gifti文件中的Data也是一维的数据,似乎没有vertex的排布信息。
 
      谢谢各位老师!

 

YAN Chao-Gan

Sun, 08/09/2020 - 07:55

1) 你可以研究一下fmriprep的命令,https://fmriprep.org/en/20.1.1/spaces.html, 看试试能不能出来3mm的数据。如果研究出来了,记得在这里回复。

2)可以直接用。

3)我个人偏向于用SPM模板生成的。是的。

4)查一下mri_surf2surf

5) 你的vertex距离是怎么定义的?三维的?二维的?不同曲面上是不一样的。