图像处理中的困惑

Submitted by dany on

老师们好,我在处理一批图像,但是这些图像采集的不太好,主要是结构像、功能像图像信号不均匀,额叶整体信号很低,甚至肉眼难以分辨灰白质(听说当时MR机器出了点问题)。静息态图像配准标准化效果不好,但是做VBM分析分割、标准化的图像看起来还不错。另外部分图像相位编码方向可能是左右。在进行不同的尝试后,还是不确定怎么处理。

1. 看了个视频,上面说segment后的mco开头的文件是bias corrected 后的T1,如果把这些mco开头的文件拿出来替换T1Img,是否合适呢?(试了下,T1配到功能像上确实会好很多,但是T1 Newsegment文件夹中有几个灰白质分割图很怪异,比如说,灰质图看起来像是脑脊液图)。

2.如果用spm把每个个体的T1 reorient到与MNI空间的T1(我用中国人的MNI T1作为参考),再把每个个体的功能像reorient到个体的T1,并且做到高度重合(除了变形的脑区)。对于配得不好的,能否这样手动调整coregister呢?(比较了一下,部分图像手动配准的至少在轮廓、大的结构如尾状核头上更加契合,具体脑回的灰白质对比不太清楚,不好比较)。

3. dpabi中reorient是在时间层校正和realign之后进行的,如果先进行reorient,再进行slice timing, realign及后续,是否也是无妨?

4.相位编码方向为左右的图像,是否应该去掉不用呢?我不懂底层的代码算法,不知道相位编码方向是否会影响结果(只知道颅底会变形很厉害)。

5. 另外我在做VBM分析后,比较了下平滑后生成的图,mask,MNI空间的T1,看到前两个比MNI空间的灰质范围要大,会包括到不应该有的脑区,比如说中脑的顶部。而我的结果显示的差异一部分正好在这里。。这该怎么办?

和这批图像斗争太久了。。拜托各位老师帮我看看~